肝内胆管结石有无症状期和有症状期，无症状期部分患者体检偶然发现，儿童可能因表达不确切无症状；有症状期包括腹痛（右上腹或上腹痛，性质多样，发作无特定规律，不同人群表现有差异）、黄疸（结石梗阻致胆汁排出受阻胆红素入血，部分梗阻间歇性、完全梗阻进行性加重，不同人群表现不同）、发热（胆管梗阻继发感染致炎症反应，免疫力低人群易出现且难控制）、消化道症状（食欲减退、恶心、呕吐等，影响不同人群营养等状况）。
部分患者在疾病早期可能没有明显症状，仅在体检做超声等影像学检查时偶然发现肝内胆管存在结石。这是因为结石较小时对胆管的刺激较轻，未引起明显的胆管梗阻、炎症等病理改变。例如，一些健康体检中通过腹部超声发现的肝内胆管结石患者，在相当长一段时间内可能没有自觉不适。
对于儿童患者，由于其对症状的表达可能不确切，也可能处于无症状期，多在因其他疾病进行检查时被发现。儿童的肝内胆管结石可能与先天胆管发育等因素有关，但早期也可能无明显临床症状。
有症状期
腹痛
部位与性质：患者常出现右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛。疼痛性质多样，绞痛可能较为剧烈，多是因为结石引起胆管梗阻，导致胆管平滑肌痉挛。例如，结石堵塞肝内小胆管时，可引起局部胆管的痉挛性收缩，从而产生疼痛。
发作情况：疼痛发作没有明显的特定规律，可能在进食油腻食物后诱发或加重，但也有部分患者在空腹时发作疼痛。对于不同年龄人群有所差异，老年患者可能疼痛感觉相对迟钝，发作时疼痛程度可能不如年轻患者剧烈但持续时间可能较长；儿童患者腹痛时可能表现为哭闹不安等，需要家长仔细观察其行为变化来判断。
黄疸
发生机制：当结石引起胆管梗阻时，胆汁排出受阻，胆红素反流入血，导致血清胆红素升高，出现黄疸症状。表现为皮肤、巩膜黄染。如果是部分梗阻，黄疸可能为间歇性；如果是完全性梗阻，则黄疸可能呈进行性加重。
不同人群表现：在成年患者中，黄疸出现时可能伴有尿色加深，如浓茶色，粪便颜色变浅等。儿童患者出现黄疸时，除了皮肤巩膜发黄外，还需要关注其生长发育情况，因为长期黄疸可能影响儿童的肝功能及生长代谢等；老年患者出现黄疸时，要警惕是否合并有其他严重的肝胆疾病，因为老年人身体机能下降，对疾病的耐受和反应与年轻人不同。
发热
原因：由于胆管梗阻后容易继发胆道感染，细菌在胆管内繁殖生长，引起炎症反应从而导致发热症状出现。体温可呈不同程度升高，可为低热，也可达高热，体温可波动在38℃-39℃甚至更高。
人群差异：对于免疫力较低的人群，如老年人、儿童等，发热可能更容易出现且相对较难控制。儿童发热时需要密切监测体温变化，因为儿童体温调节中枢尚未发育完善，高热时容易出现惊厥等并发症；老年人发热时要注意其心肺功能等情况，因为发热会增加心肺负担，可能诱发心脑血管意外等。
消化道症状
表现患者可能出现食欲减退、恶心、呕吐等消化道症状。这是因为胆道疾病影响了胆汁的正常分泌与排泄功能，进而影响了食物的消化与吸收。例如胆汁分泌减少会影响脂肪类食物的消化，导致患者进食油腻食物后消化不良症状加重。
对不同人群的影响：儿童患者出现消化道症状时可能会影响其营养摄入，进而影响生长发育；老年患者本身消化功能就有所减退，消化道症状可能会进一步加重其营养状况的恶化，需要注意加强营养支持等综合处理。
