生化妊娠原因包括胚胎因素中染色体异常、母体因素内分泌方面黄体功能不全、甲状腺功能异常，子宫方面子宫解剖结构异常、子宫内膜病变，免疫方面自身免疫异常、同种免疫异常，其他因素生活方式中吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦，环境因素接触有害物质。
胚胎因素
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。在受精卵形成过程中，如果精子或卵子的染色体出现数目或结构异常，那么形成的胚胎很可能存在染色体问题，从而无法正常着床发育。例如，有研究发现，约50%-60%的生化妊娠胚胎存在染色体异常情况，这种染色体的异常在生殖年龄的女性中随着年龄的增长而增加，因为随着女性年龄的增大，卵子质量下降，染色体发生异常的几率会升高。
母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜容受性和妊娠的正常进行至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜就不能很好地转化，从而影响受精卵的着床。例如，有临床研究表明，黄体功能不全的女性发生生化妊娠的风险比正常女性高出数倍。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对于生殖系统的正常功能有着重要影响。甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠结局。甲状腺功能减退时，机体的代谢水平降低，可能影响子宫内膜的状态和胚胎的着床环境；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖内分泌的平衡，增加生化妊娠的发生几率。
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（像纵隔子宫、双角子宫等），会改变子宫腔内的环境，影响受精卵的着床位置和着床后的发育。例如，纵隔子宫会使子宫腔的形态发生改变，导致胚胎着床受到影响，增加生化妊娠的可能性。
子宫内膜病变：子宫内膜炎、子宫内膜息肉等病变会影响子宫内膜的容受性。子宫内膜炎会使子宫内膜出现炎症反应，破坏子宫内膜的正常结构和功能；子宫内膜息肉可能会占据宫腔内的空间，影响胚胎的着床和发育，从而导致生化妊娠的发生。
免疫因素
自身免疫异常：某些自身免疫性疾病，如抗磷脂综合征等，会产生自身抗体，这些抗体可能会攻击胎盘滋养层细胞，影响胚胎的着床和发育，进而导致生化妊娠。研究发现，抗磷脂综合征患者发生生化妊娠的风险明显高于正常人群。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致生化妊娠。母体的免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而使得胚胎无法在子宫内正常着床和发育。
其他因素
生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子的质量和输卵管的功能，增加生化妊娠的风险。酒精也会对生殖系统产生不良影响，长期大量饮酒的女性，其受精卵着床和发育的环境会受到破坏，导致生化妊娠的发生率升高。例如，有研究显示，每天吸烟超过10支的女性，生化妊娠的发生率比不吸烟女性高出约30%。
过度肥胖或消瘦：过度肥胖会影响内分泌系统，导致激素水平失衡，影响排卵和子宫内膜的容受性；过度消瘦则可能意味着营养状况不佳，身体处于一种不利于妊娠的状态，这些都可能增加生化妊娠的发生几率。一般认为，体重指数（BMI）在18.5-23.9之间较为适宜妊娠，BMI过高或过低都可能对妊娠产生不利影响。
环境因素
接触有害物质：长期接触某些有害物质，如重金属（铅、汞等）、有机溶剂等，可能会对生殖细胞造成损伤，影响受精卵的形成和着床，从而导致生化妊娠的发生。例如，在一些化工行业工作的女性，如果没有做好防护措施，长期接触有害物质，其发生生化妊娠的风险会增加。
