生化妊娠是精卵结合后未着床的妊娠丢失，病因复杂，涉及胚胎因素（染色体异常、胚胎质量不佳）、母体因素（子宫、内分泌、免疫、年龄、生活方式）及其他因素（环境、心理），如胚胎染色体异常等是常见胚胎因素，子宫畸形等是常见母体子宫因素，黄体功能不全等是常见母体内分泌因素，自身免疫异常等是常见母体免疫因素，年龄增长等是母体年龄因素，不良生活方式等是母体生活方式因素，环境污染物等是其他环境因素，高压力等是其他心理因素，这些因素均可能导致生化妊娠。
胚胎因素
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。胚胎染色体数目或结构异常会影响胚胎的正常发育，使胚胎无法在子宫内成功着床。例如，常见的染色体数目异常包括三体、单体等，结构异常包括染色体缺失、易位等。大量研究表明，约50%-60%的早期自然流产（包括生化妊娠）是由于胚胎染色体异常所致。
胚胎质量不佳：精子或卵子的质量问题可能导致胚胎质量差。如精子DNA碎片率过高会影响精子的受精能力和胚胎发育潜能；卵子老化（常见于年龄较大的女性）会使卵子的染色体异常概率增加，从而影响胚胎质量，导致生化妊娠发生。
母体因素
子宫因素：子宫的形态和环境异常会影响胚胎着床。例如，子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会改变子宫腔内的微环境，影响胚胎着床；子宫内膜薄，当子宫内膜厚度小于7mm时，胚胎着床的成功率会降低，可能导致生化妊娠。子宫内膜容受性是胚胎着床的关键，任何影响子宫内膜容受性的因素都可能引发生化妊娠，如子宫内膜炎症、宫腔粘连等。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮不足会影响子宫内膜的蜕膜化，从而不利于胚胎着床。女性体内孕酮水平较低时，子宫内膜准备不充分，无法为胚胎着床提供良好的条件。研究显示，约30%-40%的生化妊娠与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对生殖系统的正常功能起着重要作用。甲状腺功能减退会导致机体代谢率降低，影响子宫内膜的容受性；甲状腺功能亢进则可能通过影响内分泌平衡，对胚胎着床产生不利影响。例如，临床研究发现，甲状腺功能异常的女性生化妊娠发生率高于甲状腺功能正常的女性。
免疫因素：自身免疫异常可能导致胚胎被母体免疫系统攻击。例如，抗磷脂抗体综合征患者体内存在抗磷脂抗体，这些抗体可引起血管内皮细胞损伤，影响子宫胎盘血流，导致胚胎着床失败或流产。此外，自然杀伤细胞活性异常也可能参与生化妊娠的发生，过高活性的自然杀伤细胞可能对胚胎产生杀伤作用。
年龄因素：女性年龄是影响生化妊娠的重要因素。随着年龄增长，卵子质量逐渐下降，染色体异常的概率增加，同时子宫内环境也可能发生变化，这些因素都会使生化妊娠的发生率升高。一般来说，35岁以上的女性生化妊娠风险明显高于年轻女性。
生活方式因素：长期吸烟、酗酒等不良生活方式会增加生化妊娠的风险。吸烟会影响卵子和精子的质量，还会导致血管收缩，减少子宫血流；酗酒会干扰内分泌系统，影响胚胎的发育。另外，过度肥胖或过度消瘦也可能通过影响内分泌等机制，增加生化妊娠的发生几率。例如，肥胖女性可能存在胰岛素抵抗等问题，影响生殖内分泌环境。
其他因素
环境因素：长期接触某些化学物质、放射性物质等环境污染物可能影响生殖系统，增加生化妊娠的风险。例如，长期接触苯、甲醛等化学物质的女性，其生殖健康受到影响，生化妊娠的发生率可能升高。
心理因素：长期的高压力状态可能通过神经内分泌系统影响生殖功能。例如，长期焦虑、紧张等不良情绪可能导致内分泌失调，影响排卵和胚胎着床，从而增加生化妊娠的发生概率。
