乙脑减毒活疫苗是将病毒减毒处理保留免疫原性制备，基础免疫8月龄接种1剂4岁加强，免疫效果持久但个体差异有不良反应且适用健康儿童等特殊人群不宜；乙脑灭活疫苗是用物理化学方法杀病毒保留抗原，基础免疫2剂间隔接种18-24月龄加强，免疫效果持续稍短不良反应少适用人群更广包括不能接种减毒活疫苗的人群。
一、制备原理方面
乙脑减毒活疫苗：是将乙型脑炎病毒株通过特定的培养条件进行减毒处理，使其仍保留一定的免疫原性，但致病力显著降低。例如通过连续传代等方法，让病毒在适应的细胞基质中发生变异，成为毒力减弱但能刺激机体产生免疫应答的毒株来制备疫苗。
乙脑灭活疫苗：是采用物理或化学方法将乙型脑炎病毒杀死，使其失去感染和繁殖能力，但保留病毒的抗原成分，从而刺激机体产生免疫反应。
二、免疫程序方面
乙脑减毒活疫苗：一般基础免疫为8月龄接种1剂，4岁时加强免疫1剂。对于不同年龄阶段的儿童，按照这个固定程序接种来刺激机体产生长期免疫记忆。
乙脑灭活疫苗：基础免疫通常需要接种2剂，两剂之间间隔一定时间，如第1剂接种后，间隔7-10天接种第2剂，18-24月龄时加强免疫1剂。不同厂家的灭活疫苗可能在具体免疫程序上有细微差异，但大致遵循这样的基础免疫加加强免疫的模式。
三、免疫效果方面
乙脑减毒活疫苗：免疫效果相对较为持久，一般认为接种后机体产生的抗体持续时间较长。有研究表明，接种后机体产生的中和抗体等可以在体内维持较长时间，能对乙脑病毒感染起到较好的长期保护作用。不过其免疫效果可能因个体差异有所不同，比如儿童自身免疫状态不同，对疫苗的免疫应答强度会有差异。
乙脑灭活疫苗：免疫效果也能起到保护作用，但其产生的抗体持续时间相对减毒活疫苗可能稍短一些。不过灭活疫苗对于一些免疫功能相对较弱或者有特殊情况的个体，接种后的免疫应答相对更易预测和稳定。
四、不良反应方面
乙脑减毒活疫苗：一般局部不良反应可能有接种部位的红肿、疼痛等，全身不良反应相对较少见，但也有少数儿童可能出现发热、皮疹等情况。对于年龄较小的儿童，由于免疫系统发育尚不完善，发生不良反应的风险可能相对需要关注。例如部分儿童接种后可能出现低热，一般为轻度，持续时间较短。
乙脑灭活疫苗：局部不良反应同样可能有接种部位的红肿、疼痛等，但相对减毒活疫苗来说，全身不良反应的发生率可能稍低一些。不过也有少数儿童可能出现发热等情况，一般发热程度相对减毒活疫苗引起的发热可能稍轻，但具体情况因个体而异。对于特殊人群，如过敏体质的儿童，接种灭活疫苗时需要更谨慎观察，因为虽然其不良反应相对少，但仍存在个体过敏的可能。
五、适用人群方面
乙脑减毒活疫苗：通常适用于8月龄以上的健康儿童以及乙脑流行地区的其他人群。对于免疫功能正常的儿童来说是常用的疫苗之一，但对于免疫缺陷儿童等特殊人群则不适合接种。例如患有严重免疫缺陷病的儿童，接种减毒活疫苗可能会因为疫苗中的减毒病毒在体内有一定复制能力而导致严重感染等情况。
乙脑灭活疫苗：适用人群相对更广泛一些，除了适合乙脑减毒活疫苗的适用人群外，对于一些不能接种减毒活疫苗的人群，如正在发热、患急性疾病、严重慢性疾病、神经系统疾病者，以及对疫苗成分过敏者等情况，可能更倾向于选择灭活疫苗。比如对于患有先天性免疫缺陷且病情不稳定的儿童，灭活疫苗相对更安全，因为其病毒已经被灭活，不会在体内复制导致感染风险。
