乙脑疫苗一般反应有局部反应（接种后数小时至24小时左右接种部位可出现红肿疼痛硬结等多数1-2天自行消退约10%-30%儿童会出现局部轻度红肿等反应）和全身反应（部分受种者可能出现发热伴头痛头晕乏力恶心呕吐腹痛腹泻等全身不适症状通常持续1-2天可自行缓解发生率在5%-15%左右）；异常反应有较为罕见但严重的过敏反应（可表现为皮疹瘙痒喉头水肿呼吸困难过敏性休克等发生率约为百万分之几）和极个别情况下的神经系统反应（如惊厥抽搐格林-巴利综合征等发生率极低约为千万分之几）；不同人群不良反应有差异，儿童免疫系统未完全成熟接种后出现发热局部红肿等反应概率相对较高需密切观察，成人全身反应相对较轻过敏反应等异常反应发生风险不同接种前要详告医生过敏史等接种后要观察30分钟以上，特殊健康状况人群中发热性疾病者不宜接种需发热消退后至少2-3天再考虑，患急性疾病严重慢性疾病慢性疾病急性发作期和发热者接种可能加重原有病情或诱发不良反应，对疫苗成分过敏者绝对禁忌接种，神经系统疾病患者接种需谨慎评估。
一般反应
局部反应：接种后数小时至24小时左右，接种部位可出现红肿、疼痛、硬结等。一般红肿直径在2.5cm以下为弱反应，2.6-5cm为中反应，5cm以上为强反应，多数情况下局部反应会在1-2天内自行消退。例如，有研究统计显示，约10%-30%接种乙脑疫苗的儿童会出现局部轻度红肿等反应。
全身反应：部分受种者可能出现发热，一般为低热，体温在37.5-38.5℃左右，少数可出现中度发热，体温38.6-39℃，个别可能出现高热，体温39℃以上。同时可能伴有头痛、头晕、乏力、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等全身不适症状，这些全身反应通常持续1-2天可自行缓解。一般全身反应的发生率在5%-15%左右。
异常反应
过敏反应：较为罕见，但一旦发生可能较为严重。可表现为皮疹（如荨麻疹等）、瘙痒、喉头水肿、呼吸困难、过敏性休克等。过敏性休克多在接种后数分钟至半小时内发生，若不及时抢救可能危及生命。据报道，乙脑疫苗过敏反应的发生率约为百万分之几。例如，曾有个别儿童接种乙脑疫苗后迅速出现面部及口唇肿胀、呼吸急促等过敏性喉头水肿表现。
神经系统反应：极个别情况下可能出现神经系统相关异常反应，如惊厥、抽搐、格林-巴利综合征等。惊厥多发生在发热初期，抽搐一般为短暂发作。格林-巴利综合征是一种自身免疫性周围神经病，表现为进行性对称性弛缓性肢体瘫痪，严重者可累及呼吸肌导致呼吸困难，不过乙脑疫苗引起神经系统异常反应的发生率极低，约为千万分之几。
不同人群的不良反应差异及注意事项
儿童
儿童由于免疫系统发育尚未完全成熟，对疫苗不良反应的耐受能力与成人有所不同。一般来说，婴幼儿接种乙脑疫苗后出现发热、局部红肿等反应的概率相对较高，但多数为轻度反应。在接种后需要密切观察儿童的精神状态、体温及局部反应情况，若出现高热、持续哭闹不安、精神萎靡等情况，应及时就医。例如，6个月-2岁的儿童接种乙脑疫苗后，家长更要加强护理，一旦发现异常需尽快处理。
成人
成人接种乙脑疫苗后，一般全身反应相对较轻，但过敏反应等异常反应的发生风险与儿童有所不同。成人在接种前应详细告知医生自己的过敏史、基础疾病等情况。如果本身有过敏性疾病病史，接种时需格外谨慎，接种后要在接种点观察30分钟以上，以便及时发现可能出现的过敏等异常反应。
特殊健康状况人群
有发热性疾病者：处于发热期的人群不宜接种乙脑疫苗，因为此时接种可能会加重发热症状，还可能干扰对疫苗不良反应的观察。应在发热消退后至少2-3天再考虑接种。
患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病急性发作期和发热者：此类人群接种乙脑疫苗可能会导致原有病情加重或诱发不良反应。例如，患有慢性阻塞性肺疾病急性发作期的患者接种乙脑疫苗后，可能会使呼吸系统症状加重。
对疫苗成分过敏者：绝对禁忌接种乙脑疫苗，否则会引发严重的过敏反应。在接种前医生应详细询问受种者的过敏史，包括对疫苗中任何成分，如疫苗中的某些辅料等是否过敏。
神经系统疾病患者：如患有癫痫、格林-巴利综合征病史等神经系统疾病者，接种乙脑疫苗需谨慎评估。因为神经系统疾病患者接种后发生神经系统异常反应的风险相对较高，应在医生充分评估利弊后再决定是否接种。
