卵巢囊肿分为生理性和病理性，生理性的有卵泡囊肿（与卵泡未正常破裂排卵致卵泡液积聚有关，随月经周期部分可自行消失）和黄体囊肿（排卵后黄体持续增大形成，多数可随下次月经来潮消退，破裂可致腹痛）；病理性的有子宫内膜异位囊肿（因子宫内膜异位种植卵巢致反复出血形成，与宫腔操作史、家族史相关，多见于育龄女性）、浆液性囊腺瘤（与卵巢表面生发上皮有关，发病机制不完全明，各年龄段可发，生育年龄相对常见）、黏液性囊腺瘤（由卵巢上皮细胞分泌过多黏液积聚形成，各年龄段可发，育龄女性有风险）、卵巢畸胎瘤（源于生殖细胞，胚胎发育时生殖细胞异位沉积致含多种组织成分，新生儿至老年均可发，青少年和年轻女性相对多见）；其他因素包括生活方式（长期不良生活方式致内分泌紊乱增风险）、环境因素（长期污染环境接触化学物质增几率）、遗传因素（部分卵巢囊肿具遗传倾向，家族有病史者风险高）。
一、生理性卵巢囊肿的形成
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵巢内的卵泡会发育成熟并排卵。如果卵泡没有正常破裂排卵，卵泡液持续积聚，就会形成卵泡囊肿。一般来说，育龄女性都可能出现这种情况，与正常的生理周期相关，通常在月经周期的特定阶段可能发生，随着月经周期的推进，部分可能会自行消失。
（二）黄体囊肿
在排卵后，卵泡会转变为黄体。如果黄体持续存在并且不断增大，就形成了黄体囊肿。这也与正常的排卵过程相关，年轻女性在排卵后较易出现，多数情况下可能会在下次月经来潮后逐渐消退，但如果黄体囊肿发生破裂等情况则可能引起腹痛等症状。
二、病理性卵巢囊肿的形成
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
子宫内膜组织出现在卵巢上，这些异位的子宫内膜会随着月经周期发生出血等变化，反复出血后在卵巢内形成囊肿，囊肿内的陈旧血液类似巧克力样，所以称为巧克力囊肿。这种情况在有过宫腔操作史、有子宫内膜异位症家族史的女性中相对更易发生，与子宫内膜的异位种植相关，年龄方面多见于育龄女性。
（二）浆液性囊腺瘤
可能与卵巢表面的生发上皮有关，生发上皮向卵巢内生长形成浆液性囊腺瘤。具体的发病机制尚不完全明确，但可能与遗传等因素有一定关系，各年龄段女性都可能发生，不过在生育年龄女性中相对常见。
（三）黏液性囊腺瘤
通常是由于卵巢的上皮细胞分泌过多黏液积聚形成，其发生也可能与上皮细胞的异常增殖等因素有关，同样各年龄段均可发生，育龄女性有一定发病风险，可能与卵巢的上皮细胞功能异常相关。
（四）卵巢畸胎瘤
来源于生殖细胞，可能是在胚胎发育过程中，部分生殖细胞异位沉积在卵巢内，这些细胞具有多向分化潜能，逐渐形成含有毛发、牙齿、油脂等多种组织成分的畸胎瘤。新生儿至老年女性都可能出现，不过在青少年和年轻女性中相对多见，其发生与胚胎发育时期生殖细胞的异常分化有关。
三、其他相关因素
（一）生活方式因素
长期的不良生活方式可能会影响内分泌等情况，从而增加卵巢囊肿的发生风险。比如长期熬夜、过度劳累等可能导致内分泌紊乱，影响卵巢的正常功能，使得卵巢的生理调节出现异常，增加囊肿形成的可能性。
（二）环境因素
长期处于污染的环境中，接触一些化学物质等可能对卵巢组织产生影响。例如长期接触含有某些有害化学物质的环境，可能干扰卵巢的正常细胞代谢等过程，增加卵巢囊肿形成的几率。
（三）遗传因素
部分卵巢囊肿具有一定的遗传倾向。如果家族中有卵巢囊肿的病史，那么个体发生卵巢囊肿的风险可能会相对较高。例如某些遗传性的综合征可能与卵巢囊肿的发生相关，有家族遗传背景的女性需要更加密切关注卵巢情况。
