生化妊娠原因包括胚胎因素如染色体异常、基因缺陷；母体因素如子宫解剖结构异常、子宫内膜异常、激素水平异常、甲状腺功能异常、自身免疫异常、同种免疫异常；生活方式因素如年龄增长、吸烟饮酒、过度劳累；其他因素如长期接触有毒有害物质。
胚胎因素
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。在受精卵形成过程中，如果胚胎的染色体出现数目异常（如多一条染色体或少一条染色体）或结构异常，会影响胚胎的正常发育，使得胚胎无法着床或着床后很快流产。例如，大量的临床研究发现，约50%-60%的生化妊娠与胚胎染色体异常有关，这种情况在年龄较大的女性中相对更常见，因为随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体发生异常的概率增加。
基因缺陷：胚胎自身的基因存在缺陷也可能引发生化妊娠。基因缺陷可能是遗传自父母双方，也可能是在胚胎发育过程中发生了基因突变，这些基因问题会干扰胚胎正常的生长和着床过程。
母体因素
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（像纵隔子宫、双角子宫等），会影响子宫的内环境，使得胚胎着床困难。研究表明，患有子宫畸形的女性发生生化妊娠的风险比正常子宫结构的女性高。例如，纵隔子宫会分隔子宫腔，影响胚胎的着床位置和着床后的发育空间。
子宫内膜异常：子宫内膜的厚度、容受性等会影响胚胎着床。子宫内膜过薄（一般认为厚度小于7mm可能影响着床）或过厚、子宫内膜炎等情况都可能导致生化妊娠。子宫内膜炎会影响子宫内膜的正常功能，降低其对胚胎的接受能力；而子宫内膜过薄可能是由于内分泌失调、人工流产等原因引起，使得胚胎难以着床。
内分泌因素
激素水平异常：孕酮、人绒毛膜促性腺激素（hCG）等激素水平异常会影响生化妊娠。孕酮是维持妊娠的重要激素，它可以使子宫内膜转化为分泌期，有利于胚胎着床。如果孕酮分泌不足，子宫内膜的分泌功能就会受到影响，导致胚胎无法着床。例如，多囊卵巢综合征患者常存在内分泌紊乱，孕酮水平相对较低，其生化妊娠的发生率可能较高。hCG是由胚胎滋养层细胞分泌的激素，它对于维持妊娠的继续发展起着重要作用。如果hCG分泌不足或其功能异常，也会导致生化妊娠。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都会影响生化妊娠。甲状腺激素参与人体的新陈代谢等多种生理过程，与生殖系统的功能密切相关。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，可能影响子宫内膜的容受性和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖内分泌的平衡，增加生化妊娠的风险。
免疫因素
自身免疫异常：女性自身存在一些自身抗体，如抗磷脂抗体等，这些抗体可能会攻击胚胎，影响胚胎的着床和发育。抗磷脂抗体综合征患者体内的抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，从而引发生化妊娠。研究发现，抗磷脂抗体阳性的女性发生生化妊娠的概率明显高于抗体阴性的女性。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应过强也可能导致生化妊娠。正常情况下，母体的免疫系统会对胚胎产生一定的耐受，但如果这种耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎识别为外来异物并进行攻击，使得胚胎无法正常着床和发育。
生活方式因素
年龄：随着女性年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，同时身体的各项机能包括内分泌、子宫内环境等也会发生变化，这些因素综合起来使得生化妊娠的发生率升高。例如，35岁女性生化妊娠的发生率约为25%-30%，而40岁以上女性可能高达50%左右。
吸烟饮酒：吸烟会影响女性的内分泌和卵子质量，增加染色体异常的风险；饮酒尤其是过量饮酒会干扰生殖内分泌系统，影响激素水平和子宫内膜的容受性，从而增加生化妊娠的可能性。有研究表明，长期吸烟饮酒的女性发生生化妊娠的风险比不吸烟饮酒的女性高。
过度劳累：长期处于过度劳累的状态会使身体处于应激状态，影响内分泌平衡和免疫系统功能，进而对胚胎着床产生不利影响，增加生化妊娠的发生几率。
其他因素
环境因素：长期接触一些有毒有害物质，如化学毒物、放射性物质等，可能会影响生殖细胞的质量和胚胎的发育，导致生化妊娠。例如，长期在含有苯、甲醛等有害物质的环境中工作的女性，其生化妊娠的风险可能增加。
