沙眼衣原体感染能彻底治好。沙眼衣原体对多种抗生素敏感，规范使用可有效抑制或清除病原体。患者经足量、足疗程治疗后，可达到治愈的目的。但治疗需严格遵医嘱，避免自行停药导致耐药或复发。同时，性伴侣应同步检查治疗，防止发生交叉感染。
患者应在医生的指导下服用盐酸环丙沙星片、盐酸米诺环素胶囊、盐酸多西环素片等四环素类抗生素治疗，通过抑制细菌DNA旋转酶活性，阻碍沙眼衣原体DNA复制，从而发挥抗菌作用。
患者日常应单独使用毛巾、浴盆等私人物品，每日用煮沸消毒，要避免与他人共用脸盆、化妆品，以免发生传染。如果沙眼衣原体感染眼部，在急性期，患者应避免佩戴隐形眼镜，外出时可以佩戴防紫外线眼镜，以免加重病情。
若患者并发角膜血管翳，可采取物理治疗，通过激光光凝术封闭新生血管，控制病情发展。若患者睑结膜滤泡增生严重，可采用液氮冷冻破坏病变组织，促进病情恢复。患者在治疗期间，应定期到医院眼科进行核酸复检，以确认病原体被清除。
