临床上不存在扁平疣的最佳去除方法的详细说明，但可以通过维A酸类药物、免疫调节剂、冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等方法解决。
1.维A酸类药物
维A酸乳膏等可促进表皮细胞更新，调节表皮细胞增殖和分化，使角质层细胞疏松而容易脱落，从而达到治疗扁平疣的目的。
2.免疫调节剂
比如干扰素，它具有抗病毒和免疫调节作用。通过抑制病毒复制以及增强机体免疫功能来发挥治疗扁平疣的效果。
3.冷冻治疗
利用低温使疣体组织坏死、脱落。冷冻治疗相对较为直接，能较快去除疣体。但冷冻后局部可能会出现肿胀、疼痛、水疱等反应，儿童皮肤较为娇嫩，进行冷冻治疗时要注意控制冷冻的深度和范围，避免造成过度损伤。
4.激光治疗
激光可以直接烧灼疣体，使其碳化、脱落。激光治疗的优势是精准度相对较高，能较快速去除疣体。然而，激光治疗可能会有一定的疼痛，术后也可能会有短暂的红肿、结痂等情况，对于儿童患者，要选择合适的激光参数，减少对皮肤的损伤和不良影响。
5.电灼治疗
通过电流产生的高温将疣体破坏。电灼治疗对于较小的扁平疣有一定效果，但同样要注意操作时的深度和范围，防止对周围正常皮肤组织造成过多损伤，儿童患者在治疗时需特别留意保护周围正常皮肤。
此外，扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体接种到其他部位，引起皮疹扩散。无论是儿童还是成人，都要注意尽量避免搔抓患处，家长要提醒儿童不要用手去抓挠长有扁平疣的部位。
