胃肠炎的病因包括细菌感染、寄生虫感染、饮食因素、药物因素和环境因素等。
1.细菌感染
常见的有沙门菌，包括鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌等，多通过食用被污染的禽肉、蛋类、肉类等食物传播，细菌进入肠道后，可在肠道内生长繁殖，释放毒素，刺激肠道黏膜，引起炎症反应，导致腹痛、腹泻、发热等症状；大肠杆菌中的某些血清型，如产毒性大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌等可引起胃肠炎，产毒性大肠杆菌产生的肠毒素可导致肠道分泌增加，引起水样腹泻；弯曲菌也是引起胃肠炎的常见细菌之一，主要通过食用污染的肉类、牛奶等传播，感染后可引起肠道炎症，出现腹泻、腹痛、发热等表现。
2.寄生虫感染
如蓝氏贾第鞭毛虫，多通过饮用被污染的水传播，寄生虫在肠道内寄生，附着于肠黏膜，引起肠道黏膜损伤和炎症，导致腹泻、腹痛、腹胀等症状；隐孢子虫也是一种常见的引起胃肠炎的寄生虫，可通过接触被污染的水源或密切接触传播，感染后主要引起腹泻，免疫功能正常的人一般为自限性病程，但免疫功能低下者可能症状较重。
3.饮食因素
食用过多生冷食物，会刺激胃肠道，导致胃肠道蠕动加快，引起胃肠功能紊乱，出现腹痛、腹泻等胃肠炎症状；进食被毒素污染的食物，如变质的海鲜、肉类等，食物中的毒素可直接刺激胃肠道黏膜，引起炎症反应，导致呕吐、腹泻等；暴饮暴食会加重胃肠道的消化负担，使胃肠道蠕动和消化功能失调，也可能引发胃肠炎。
4.药物因素
某些药物可能会引起胃肠道不良反应导致胃肠炎，例如非甾体类抗炎药，如阿司匹林、布洛芬等，这类药物可抑制胃肠道黏膜前列腺素的合成，削弱黏膜的保护作用，长期或大剂量使用时易引起胃黏膜损伤，导致胃炎、溃疡等，严重时可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠炎样表现；抗肿瘤药物在杀伤肿瘤细胞的同时，也可能对胃肠道黏膜细胞产生毒性作用，引起胃肠道黏膜炎症、溃疡等，导致腹泻、呕吐等症状。
5.环境因素
腹部受凉可使胃肠道血管收缩，导致胃肠道血液循环障碍，胃肠功能紊乱，引起腹痛、腹泻等胃肠炎症状；长期处于寒冷、潮湿的环境中，人体抵抗力可能下降，胃肠道更容易受到病原体的侵袭，增加患胃肠炎的风险。
此外，老年人胃肠功能减退，肠道菌群失调，对病原体的抵抗力下降，容易发生胃肠炎；婴幼儿胃肠道发育尚未完善，消化酶分泌不足，肠道屏障功能较弱，也较易患胃肠炎；一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进症，可影响胃肠道的蠕动和消化功能，导致胃肠功能紊乱，增加胃肠炎的发生几率。
