扁平疣的治疗方法主要有外用药物、物理治疗、系统药物治疗、局部注射治疗等，并没有什么最佳方法。
1.外用药物
常用维A酸类药物、水杨酸制剂、免疫调节剂等，维A酸类药物，如维A酸乳膏、阿达帕林凝胶等，可调节细胞角化，使疣体脱落；水杨酸制剂，如水杨酸软膏等，可腐蚀疣体；免疫调节剂，如咪喹莫特乳膏得过，可增强局部免疫力清除病毒，需遵医嘱坚持涂抹，避免接触正常皮肤。
2.物理治疗
包括冷冻治疗、激光治疗、电灼和刮除术，冷冻治疗用液氮使疣体坏死脱落，激光治疗精准烧灼疣体，电灼后刮除疣体，适用于疣体数量少、面积小的情况，可能需要多次治疗，术后注意护理避免感染。
3.系统药物治疗
对于疣体广泛、顽固不愈者，可口服免疫抑制剂或抗病毒药物，免疫抑制剂，如环孢素、甲氨蝶呤等；抗病毒药物，如伐昔洛韦、阿昔洛韦等，通过调节全身免疫力或抑制病毒复制达到治疗效果，需在医生指导下使用，定期监测肝肾功能。
4.局部注射治疗
向疣体根部注射博来霉素、干扰素等药物，博来霉素抑制细胞增殖，干扰素增强局部免疫力，适用于顽固疣体，注射后可能出现局部疼痛、红肿，需严格控制用药剂量。
