隐球菌脑膜炎的治愈率受患者基础疾病、治疗时机、治疗方案及病情严重程度影响，总体治愈率约50%至70%，但免疫功能低下人群治愈率较低，且易出现后遗症。
隐球菌脑膜炎由新型隐球菌感染引起，属于中枢神经系统真菌感染，治疗难度大、疗程长，如果患者无基础疾病且在发病早期及时接受规范抗真菌治疗，治愈率可达70%左右，多数患者可恢复正常。但艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者等免疫低下人群，感染后病情进展快，治疗反应差，治愈率仅30%至50%，且易复发，部分患者会遗留视力下降、听力障碍、认知功能损害等后遗症。
治疗疗程通常需6至12个月，患者需严格遵医嘱用药，不可自行停药，以提高治愈率、减少后遗症。
