扁平湿疣的诊断需从临床表现观察、病史询问、实验室检查及组织病理学检查等方面进行。
1.临床表现观察
扁平湿疣好发于外生殖器、肛周等部位，损害为扁平的丘疹，表面湿润，初起为丘疹，而后扩大或融合成扁平斑块，基底宽而无蒂，周围有浸润，表面糜烂，可有少量渗液，内含大量梅毒螺旋体，具有较强传染性。
2.病史询问
详细询问患者的性接触史，包括有无不洁性行为、性伴侣情况等，因为扁平湿疣是二期梅毒的典型表现之一，而二期梅毒主要通过性接触传播。同时了解患者既往是否有梅毒感染史等相关病史，对于诊断有重要参考价值。
3.实验室检查
暗视野显微镜检查取扁平湿疣表面的渗液，在暗视野显微镜下可直接观察到梅毒螺旋体，这是一种简便、快速且特异性较高的检查方法。非梅毒螺旋体抗原血清试验常用的有快速血浆反应素环状卡片试验（RPR）和甲苯胺红不加热血清学试验（TRUST）等。这类试验是筛查梅毒的常用方法，其滴度可用于判断病情活动度和疗效观察。梅毒螺旋体抗原血清试验包括梅毒螺旋体颗粒凝集试验（TPPA）、荧光螺旋体抗体吸收试验（FTA-ABS）等。
4.组织病理学检查
取病变组织进行病理检查，可见表皮角化不全，棘层肥厚，表皮突增宽下延，真皮浅层有大量浆细胞、淋巴细胞和组织细胞浸润等特征性表现，有助于与其他类似皮肤病进行鉴别诊断。例如，可与尖锐湿疣等疾病通过病理表现进行区分，尖锐湿疣的病理表现与扁平湿疣有所不同，通过组织病理学检查能清晰辨别。
