血吸虫病的发病症状随感染阶段、虫种及寄生部位不同存在显著差异，主要分为急性期、慢性期及晚期三个阶段，部分虫种可出现特征性局部症状。
一、急性期症状。感染血吸虫尾蚴后约1～2个月进入急性期，典型症状包括：发热多为间歇热或弛张热，体温波动可达39℃以上，部分患者伴寒战，持续2～3周后逐渐缓解；胃肠道症状因虫卵沉积肠道黏膜，出现腹痛、腹泻，粪便带黏液或少量血液，严重者可出现水样便；肝脾肿大表现为肝脏质地软至中等硬度，触诊有压痛，脾脏轻至中度肿大；过敏反应表现为尾蚴性皮炎（感染后数小时至数天，接触疫水部位皮肤出现红色丘疹、瘙痒），伴外周血嗜酸性粒细胞比例显著升高（可超过20%）；肺部症状因童虫移行至肺部引起炎症，表现为咳嗽、胸闷，肺部听诊可闻及干湿性啰音，X线可见肺部点状或片状浸润影。
二、慢性期症状。急性期未治愈或反复感染后进入慢性期，症状较隐匿且持续时间长，主要表现为消化系统症状，如慢性腹泻或便秘交替，粪便黏液增多，偶带血丝；肝区不适，肝脏隐痛或胀痛，触诊质地变硬，肝门静脉区可闻及血管杂音；全身表现为乏力、食欲减退、体重下降，女性患者可能因慢性失血出现月经紊乱，长期感染可导致轻度贫血；特殊虫种差异中，日本血吸虫以肠道症状为主，曼氏血吸虫更易引起肝纤维化进展，埃及血吸虫此时已出现膀胱黏膜刺激症状（尿频、尿急、下腹坠胀）。
三、晚期并发症症状。长期慢性感染可导致器官纤维化及不可逆损害，常见并发症包括门静脉高压综合征，表现为食管胃底静脉曲张破裂引发上消化道大出血（呕血、黑便），腹水（腹胀、腹部膨隆），脾大伴脾功能亢进（血小板、白细胞减少，皮肤瘀斑）；肠道并发症因肠壁纤维化增厚致肠腔狭窄，表现为持续性腹痛、便秘或不完全性肠梗阻，严重者出现肠穿孔；泌尿系统损害中，埃及血吸虫长期感染导致膀胱壁钙化、膀胱颈狭窄，出现反复尿路感染、血尿、排尿困难，严重时引发肾积水、肾功能衰竭；异位血吸虫病因虫卵沉积不同器官，可表现为中枢神经系统症状（头痛、癫痫、肢体瘫痪），肺部（咯血、胸膜炎），皮肤（结节、溃疡）等，儿童患者因虫卵沉积脑白质可影响神经发育。
四、特殊人群症状特点。不同人群因生理状态差异症状表现不同：儿童免疫系统尚未成熟，急性期高热持续时间更长，肝脾肿大程度较重，易并发营养不良性水肿，长期感染可致生长发育迟缓（身高体重低于同龄儿童），因嗜酸性粒细胞过度增殖可能出现胃肠道蛋白丢失性肠病；孕妇感染后症状更重，高热可增加流产、早产风险，虫卵通过胎盘屏障可能导致胎儿发育异常，孕期治疗需严格权衡药物毒性（优先非药物干预控制症状）；老年人合并高血压、糖尿病者，门静脉高压出血风险升高，且因肝肾功能减退，药物代谢减慢导致不良反应增加，症状以慢性腹痛、腹泻为主，易被误认为肠道肿瘤；男性青壮年因频繁接触疫水，感染后血吸虫卵沉积膀胱三角区概率增加，早期出现无痛性血尿、尿频，易延误诊断。
五、不同虫种的特征性症状。日本血吸虫主要寄生门静脉系统，急性期以胃肠道症状显著（虫卵沉积肠黏膜引发黏液血便），慢性期以肝纤维化导致门静脉高压为主；埃及血吸虫主要寄生膀胱静脉丛，特征性症状为泌尿系统症状，早期出现尿频、尿痛、终末期肉眼血尿，晚期膀胱壁钙化、排尿困难；曼氏血吸虫寄生肠系膜静脉，除胃肠道症状外，更易引起肝纤维化快速进展，形成严重门静脉高压，且虫卵易在皮肤、肺部形成异位结节，导致慢性皮疹、咳嗽、咯血。
