肛瘘手术麻醉通常不会引起剧烈疼痛，但不同麻醉方式在过程中及消退后可能有不同感受。
局部麻醉时，注射局部麻醉药物会有轻微刺痛感，一般可忍受；椎管内麻醉穿刺过程中可能有酸胀感，麻醉起效后手术部位无痛感；全身麻醉下患者处于睡眠状态，不会感觉到疼痛。麻醉消退后，局部麻醉和椎管内麻醉手术部位可能有些疼痛，可通过口服止痛药缓解；全身麻醉苏醒后，可能会有头痛、恶心等不适，但通常短时间内缓解。
患者可按医生建议使用止痛药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等，保持休息，避免过度活动，采用热敷或冷敷缓解疼痛，注意饮食，保持大便通畅，避免便秘加重疼痛。
