肛瘘专用药物包括口服药物和外用药物。
1.口服药物
当肛瘘处于急性感染期，有红肿热痛等炎症表现时，可使用抗生素控制感染。具体药物，如头孢菌素类（头孢克肟等），其通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，能有效杀灭引起肛瘘感染的常见细菌；还有硝基咪唑类药物（甲硝唑等），对厌氧菌有较好的抗菌活性，肛瘘感染常合并厌氧菌感染，所以甲硝唑等可用于肛瘘急性感染期的治疗。
2.外用药物
坐浴药物
常用的有高锰酸钾溶液，使用时需注意配置浓度，一般是配成1:5000的稀溶液进行坐浴，可起到清洁创面、促进炎症消退的作用，对于肛瘘局部有分泌物、炎症的情况有一定帮助。儿童坐浴时要注意安全，避免烫伤等，需在成人监护下进行；老年人若有行动不便等情况，要注意坐浴时的体位等安全问题。
用软膏比如莫匹罗星软膏，属于局部外用抗生素，适用于肛瘘局部感染创面的涂抹，能抑制细菌生长，减轻局部炎症反应。但儿童使用时要避免误入眼、口等部位，老年人若皮肤有破损等情况使用时需观察皮肤反应。
