疱疹性咽峡炎的治疗包括一般治疗（休息隔离、饮食调整）、对症治疗（退热、止咳）、抗病毒治疗，特殊人群（婴幼儿、儿童、有基础疾病儿童）需注意相应事项，如婴幼儿密切观察病情、保持口腔清洁，儿童保证睡眠、避免去密集场所，有基础疾病儿童密切监测病情、注意药物相互作用等。
饮食调整：给予清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、米粥、果汁等，避免进食辛辣、刺激性、过烫的食物，以免刺激咽部，加重咳嗽等不适，对于婴幼儿要注意喂养方式，防止呛咳。
对症治疗
退热：若患儿伴有发热，当体温超过38.5℃且有不适表现时，可采用物理降温，如用温水擦拭额头、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴；物理降温效果不佳时，可遵医嘱使用退热药物，需注意不同年龄段患儿适用的退热药物可能不同，要严格遵循用药原则。
止咳：对于咳嗽症状，可适当多饮温水，保持呼吸道湿润，有助于缓解咳嗽；若咳嗽较明显，可在医生指导下使用止咳化痰的药物辅助治疗，但要避免低龄儿童自行使用不恰当的止咳药物，防止出现不良反应。
抗病毒治疗
常用药物：目前对于疱疹性咽峡炎的病毒感染，一般可使用干扰素等抗病毒药物，干扰素具有广谱抗病毒作用，可抑制病毒复制，但具体用药需根据患儿病情由医生判断是否使用及选择合适的药物剂型等。
特殊人群注意事项
婴幼儿：婴幼儿免疫系统发育不完善，病情变化相对较快，要密切观察其精神状态、体温、咳嗽等情况，一旦出现呼吸急促、精神萎靡等异常表现，需立即就医。在护理方面要特别注意保持口腔清洁，可在饭后用生理盐水漱口，但婴幼儿操作较困难时，家长可协助用棉签蘸取生理盐水清洁口腔。
儿童：要关注其日常活动和学习情况，保证充足睡眠，适当进行户外活动，但要避免去人员密集场所。同时，家长要向儿童普及疾病相关知识，使其配合治疗和护理。
有基础疾病的儿童：如患有先天性心脏病、哮喘等基础疾病的儿童，患疱疹性咽峡炎时咳嗽等症状可能会加重基础疾病的病情，要更加密切监测病情，严格按照医生制定的治疗方案进行治疗，在使用药物时要注意药物之间的相互作用等情况。
