新生儿肠梗阻的病因包括先天性肠道发育畸形（如肠闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性肛门直肠畸形）、胎粪性肠梗阻（患胰腺囊性纤维性变的新生儿易发生）、腹腔内感染及粘连（新生儿腹膜炎、胎粪性腹膜炎可致粘连引发肠梗阻）、肠套叠（新生儿期相对少见但可能发生），早产儿风险相对更高，有先天性肠道发育畸形家族史的新生儿需警惕，护理时要注意腹部保暖。
肠狭窄：也是由于胚胎期肠道发育异常引起，程度较轻的肠狭窄可能仅表现为肠腔的部分狭窄，其发生机制与肠闭锁类似，是再通过程中出现障碍但未完全闭锁。
肠旋转不良：胚胎期肠管以肠系膜上动脉为轴心的旋转运动发生障碍，导致肠道位置发生异常，进而引起肠道梗阻。正常情况下，胚胎第6-10周时肠管完成从左向右的旋转，若旋转异常，可使十二指肠被压迫或小肠系膜附着不全，从而引发肠梗阻。
先天性肛门直肠畸形：是常见的消化道畸形，包括肛门闭锁、直肠闭锁等，由于胚胎发育过程中泄殖腔分隔异常导致，可分为高位、中位和低位畸形，会引起粪便排出障碍，进而导致肠梗阻。
胎粪性肠梗阻
主要发生在患胰腺囊性纤维性变的新生儿，由于胰腺外分泌功能不足，肠道黏液分泌异常增多，与浓缩的胎粪混合形成黏稠的胶冻样物质，堵塞肠道引起肠梗阻。这种情况在有家族遗传倾向的新生儿中更易发生，因为胰腺囊性纤维性变是一种常染色体隐性遗传性疾病。
腹腔内感染及粘连
新生儿腹膜炎：如新生儿自身免疫功能较低，容易发生腹腔内感染，常见的原因可能是产前或产时感染，细菌侵入腹腔引起腹膜炎，炎症导致肠管粘连，影响肠道正常蠕动，从而引发肠梗阻。例如宫内感染的细菌可通过血液循环到达腹腔，或者产时胎儿吸入污染的羊水等导致腹腔感染。
胎粪性腹膜炎：多因胎儿期肠管发生破裂，胎粪流入腹腔引起无菌性炎症反应，之后逐渐形成粘连，粘连的肠管可导致肠梗阻。胎粪性腹膜炎的发生可能与胚胎期肠管的缺血、坏死等因素有关。
肠套叠
在新生儿期相对少见，但也可能发生。其发生机制可能与新生儿的肠道功能发育不完善、肠道蠕动不协调等有关，例如某些诱因导致近端肠管套入远端肠管，造成肠腔梗阻。不过新生儿肠套叠的病因相对复杂，可能与肠道的解剖结构特点、感染等多种因素相关。
对于早产儿来说，由于其肠道发育更不成熟，发生肠梗阻的风险可能相对更高，需要密切观察其肠道功能情况。而对于有先天性肠道发育畸形家族史的新生儿，在出生后要格外警惕肠梗阻的发生，应加强监测。在护理方面，要注意保持新生儿腹部的温暖，避免腹部受冷刺激引起肠道蠕动异常等情况。
