早上起来口臭可能由多种因素引起，包括口腔局部因素如清洁不到位、龋齿、牙龈炎牙周炎；全身系统性疾病如消化系统疾病中的胃食管反流病、消化不良，呼吸系统疾病如鼻窦炎、扁桃体炎，糖尿病；以及其他因素如饮食因素、长期吸烟等。
龋齿：牙齿上的龋洞内容易残留食物碎屑，细菌在龋洞内大量繁殖，发酵分解食物残渣产生异味。龋齿引发的口臭通常比较明显，且龋洞越深，口臭可能越严重。不同年龄段的人群都可能患龋齿，儿童由于饮食中糖分摄入相对较多且口腔清洁意识较弱，患龋齿的几率较高；成年人如果口腔卫生维护不佳，也可能发生龋齿。
牙龈炎、牙周炎：牙龈发炎时，牙龈组织充血、水肿，容易出血，并且局部细菌滋生旺盛。牙周炎患者还存在牙周袋，袋内会有大量的菌斑、牙石和炎性分泌物，细菌分解这些物质会产生挥发性硫化物等有臭味的物质。无论是儿童还是成年人，牙龈炎和牙周炎的发生都与口腔卫生状况密切相关，比如儿童可能因为刷牙方法不正确导致牙龈损伤引发炎症，成年人若长期吸烟、患有糖尿病等全身性疾病也会增加患牙周炎的风险。
全身系统性疾病
消化系统疾病
胃食管反流病：胃酸反流至食管甚至口腔，会带来难闻气味。夜间睡眠时，人体处于平卧位，更易发生胃酸反流。患有胃食管反流病的人群，早上起来口臭的情况较为常见。例如，一些中老年人由于食管下括约肌功能减退，更容易出现胃食管反流，进而导致口臭。
消化不良：消化不良时，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，可能通过食管反流至口腔引起口臭。不同年龄段均可发生消化不良，儿童可能因饮食不规律、暴饮暴食等导致消化不良；成年人则可能由于工作压力大、饮食不节等原因引发。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等。鼻窦炎患者鼻腔内的脓性分泌物倒流至口腔，会产生臭味；扁桃体炎时，扁桃体隐窝内会积存大量脱落上皮、细菌团等，细菌分解这些物质产生异味。儿童的扁桃体相对较大，更容易发生扁桃体炎，从而引发口臭；成年人若患有鼻窦炎未得到及时治疗，也会出现相关口臭问题。
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，体内酮体生成增加，可通过呼吸排出，导致口腔出现烂苹果味的口臭。糖尿病在各个年龄段都可能发病，尤其是中老年人较为常见，需要注意的是，糖尿病患者由于自身免疫力相对较低，口腔卫生问题也可能更为突出，进一步加重口臭情况。
其他因素
饮食因素：前一天食用大量有特殊气味的食物，如洋葱、大蒜等，这些食物中的特殊成分会在体内代谢后通过呼吸排出，导致早上起来嘴巴臭。不同年龄段的人群都可能因饮食因素出现这种情况，儿童如果食用了过多有特殊气味的零食，也可能引发口臭；成年人在社交聚餐等场合食用此类食物后，若未及时清洁口腔，也会出现口臭现象。
长期吸烟：烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔中，并且吸烟会影响口腔的正常生理环境，导致口腔干燥，细菌滋生，从而产生口臭。长期吸烟的人群，无论年龄大小，口臭问题都较为常见，而且吸烟还会增加患口腔疾病和全身疾病的风险，进一步加重口臭相关问题。
