内分泌系统疾病可导致闭经，其原因包括下丘脑性闭经（下丘脑功能异常如肿瘤、精神应激等致闭经）、垂体性闭经（垂体病变如肿瘤、席汉综合征致闭经）、卵巢性闭经（卵巢早衰、切除或破坏致闭经）、子宫性闭经（先天性缺陷、损伤粘连、炎症致闭经）及其他因素（全身性疾病、药物影响、生活方式致闭经）。
垂体性闭经：垂体病变可影响促性腺激素的分泌，从而导致闭经。垂体肿瘤是常见原因之一，如催乳素瘤，垂体分泌过多的催乳素，可抑制下丘脑GnRH的分泌，同时直接作用于卵巢，抑制卵巢功能，引起闭经，患者常伴有溢乳症状；席汉综合征是由于产后大出血、休克等导致垂体缺血坏死，垂体前叶功能减退，促性腺激素分泌减少，出现闭经、生殖器官萎缩等一系列症状，多发生于有分娩大出血病史的女性。
卵巢性闭经
卵巢早衰：女性在40岁以前出现卵巢功能减退称为卵巢早衰。遗传因素是其重要原因之一，如X染色体异常等遗传缺陷可导致卵巢早衰；自身免疫性疾病也是常见原因，自身免疫性甲状腺炎等自身免疫性疾病可产生自身抗体攻击卵巢组织，导致卵巢功能受损，引起闭经，这类患者常伴有其他自身免疫性疾病的表现，多见于有自身免疫性疾病家族史或自身免疫性疾病病史的女性。
卵巢切除或组织破坏：手术切除双侧卵巢，如因卵巢肿瘤等疾病进行的双侧卵巢切除术，会导致卵巢功能丧失，引起闭经；盆腔放疗也可破坏卵巢组织，影响卵巢功能，导致闭经，接受盆腔放疗的女性，尤其是恶性肿瘤患者，需要密切关注卵巢功能变化。
子宫性闭经
先天性子宫缺陷：如先天性无子宫或始基子宫等，由于子宫发育异常，缺乏子宫内膜或子宫内膜功能不良，可导致闭经，这类患者从青春期开始就表现为原发性闭经，常伴有其他生殖器官发育异常。
子宫内膜损伤或粘连：人工流产是导致子宫内膜损伤的常见原因，多次人工流产手术可损伤子宫内膜基底层，引起宫腔粘连，导致闭经，多见于有多次人工流产史的女性；产后或流产后刮宫过度也可损伤子宫内膜，引发宫腔粘连，出现闭经症状，患者往往有明确的宫腔操作史。
子宫内膜炎症：严重的子宫内膜结核可破坏子宫内膜，导致宫腔粘连、闭经，这类患者多有结核病史，且常伴有低热、盗汗等结核中毒症状。
其他因素
全身性疾病：严重的营养不良，如过度节食、长期素食等导致机体营养缺乏，可影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，引起闭经；慢性消耗性疾病，如重度贫血、结核病等，也会影响机体的内分泌调节和生殖功能，导致闭经，患者常伴有原发病的相应症状，如贫血患者有面色苍白、乏力等表现。
药物影响：长期服用某些药物也可能导致闭经。例如，长期服用避孕药，尤其是含有较高剂量雌激素和孕激素的避孕药，可抑制下丘脑-垂体功能，导致闭经，一般在停药后3-6个月可恢复月经；抗精神病药物等也可能通过影响内分泌系统导致闭经，这类患者在用药前需要医生充分评估用药风险，并密切监测月经情况。
生活方式：过度运动，尤其是长跑、芭蕾舞等高强度运动，可导致体内脂肪含量过低，影响雌激素的合成，从而引起闭经，常见于运动员等长期高强度运动的人群；吸烟也可能对闭经有一定影响，吸烟会影响卵巢的血液供应和内分泌功能，增加闭经的发生风险，女性吸烟量越大、吸烟年限越长，闭经的发生率可能越高。
