先天性巨结肠手术后可能会有后遗症，但随着医疗技术的进步，后遗症发生率已明显降低，具体是否出现后遗症与病情严重程度、手术方式和术后护理等因素相关。
先天性巨结肠手术后常见的后遗症包括吻合口狭窄、排便功能障碍、盆腔感染等。吻合口狭窄多因手术吻合时组织愈合不良所致，可能导致排便困难；排便功能障碍多与手术中神经损伤或肠道蠕动功能未完全恢复有关；盆腔感染则多因术后伤口护理不当或肠道污染所致。多数后遗症通过后续治疗和康复训练可得到改善。
先天性巨结肠患者术后需严格遵循医嘱进行护理和喂养，定期复诊；若出现排便困难、大便变细、腹痛、发热或大便失禁等异常情况，需及时就诊，通过肛门指检、肠镜等检查明确原因。
