恶性胃肠道间质瘤存在治愈可能，但预后受多种因素影响。该疾病虽具有侵袭、转移等恶性特性，但若发现及时且治疗得当，患者有机会实现康复。
手术是治疗的首选手段，完整切除肿瘤是根治的关键，尤其对于早期、肿瘤较小且局限于某一部位的患者，手术可能彻底切除肿瘤并恢复功能。然而，对于晚期、复发或转移性病例，需结合靶向药物治疗，如伊马替尼，可有效控制肿瘤生长和扩散，改善预后。
临床统计显示，恶性胃肠道间质瘤的十年生存率约为48%，其中胃部肿瘤的十年生存率可达70%以上，而肠道肿瘤的治愈率相对较低。此外，肿瘤大小、分期、核分裂象数目及转移情况等因素也会影响预后。因此，早期发现、规范治疗以及定期随访对于改善恶性胃肠道间质瘤的预后至关重要。
