病毒无细胞结构，由核酸和蛋白质外壳组成，需寄生，体积小，靠复制增殖，抗生素对其无效，感染致细胞损伤等；细菌有细胞结构，属原核生物，个体比病毒大，主要二分裂繁殖，抗生素对其有效但可耐药，致病方式多样，不同人群及生活方式下感染表现与后果有差异。
一、生物学结构方面
病毒：结构简单，无细胞结构，主要由核酸（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成，必须寄生在活细胞内才能进行生命活动。例如，流感病毒由内部的RNA和外部的蛋白质包膜构成，自身无法独立完成代谢等生命过程，需侵入宿主细胞利用宿主细胞的物质和能量来繁殖。
细菌：有细胞结构，具备细胞壁、细胞膜、细胞质等基本结构，虽没有成形的细胞核，属于原核生物，但有拟核区域，含有遗传物质DNA。像大肠杆菌，有完整的细胞结构来进行自身的代谢活动，可在适宜的环境中独立生存和繁殖，如在肠道内或人工培养的培养基中都能生长。
二、大小方面
病毒：体积微小，多数病毒直径在10-300纳米之间，需借助电子显微镜才能观察到。例如，腺病毒直径约70-90纳米，脊髓灰质炎病毒直径约27纳米。
细菌：个体一般比病毒大，通常直径在0.5-5微米左右，部分细菌用光学显微镜就能观察到。比如金黄色葡萄球菌直径约0.5-1微米。
三、繁殖方式方面
病毒：繁殖方式为复制增殖。病毒侵入宿主细胞后，利用宿主细胞的原料和场所，按照自身核酸携带的遗传信息合成自身的核酸和蛋白质外壳，然后组装成新的病毒颗粒释放出去。以噬菌体为例，噬菌体吸附在细菌表面后，将自身核酸注入细菌细胞内，利用细菌的物质合成子代噬菌体的核酸和蛋白质，进而组装成子代噬菌体并释放，裂解细菌。
细菌：主要繁殖方式是二分裂，即一个细菌细胞分裂为两个基本相同的子代细胞。在适宜的营养条件和环境下，细菌繁殖速度较快，例如大肠杆菌在适宜条件下每20分钟左右就能分裂一次。
四、对药物的敏感性方面
病毒：一般来说，抗生素对病毒无效，因为抗生素主要作用于细菌的细胞壁合成、蛋白质合成等细菌特有的代谢途径，而病毒没有这些结构和代谢过程。例如，感冒大多是病毒引起的，使用抗生素治疗无效，而需要使用抗病毒药物如奥司他韦等（奥司他韦针对流感病毒有作用）。但也有特殊情况，如病毒感染继发细菌感染时，可能需要使用抗生素。
细菌：抗生素对细菌感染有较好的治疗作用，不同的抗生素针对不同种类的细菌有特异性。例如，青霉素主要作用于革兰阳性菌，通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用；庆大霉素等氨基糖苷类抗生素则是通过抑制细菌蛋白质合成来起到抗菌效果。不过，细菌也可能出现耐药性，由于长期或不合理使用抗生素等原因，细菌会产生耐药机制，使得抗生素的治疗效果下降，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）对多种常用抗生素耐药。
五、在人体中的致病特点方面
病毒：病毒感染人体后，可引起细胞损伤、坏死等。例如，肝炎病毒感染肝脏细胞，导致肝细胞炎症、坏死，影响肝脏的正常功能；脊髓灰质炎病毒侵犯脊髓前角运动神经元，可引起肢体麻痹等严重后果。病毒感染还可能引起免疫反应过度激活，导致机体出现发热、炎症等全身症状。
细菌：细菌致病方式多样，有的细菌通过产生毒素致病，如破伤风杆菌产生破伤风痉挛毒素，引起肌肉痉挛；有的细菌通过侵袭组织致病，如链球菌可侵入皮肤和皮下组织引起丹毒等。细菌感染引起的炎症反应特点与病毒有所不同，一般细菌感染时中性粒细胞等炎症细胞浸润较为明显。对于不同年龄、性别等人群，感染病毒或细菌后的表现可能有差异。例如，儿童由于免疫系统发育尚未完善，感染病毒后可能更容易出现高热、惊厥等表现；老年人由于机体免疫力下降，感染细菌后可能病情进展较快，容易出现脓毒血症等严重情况。在生活方式方面，长期熬夜、缺乏运动等不良生活方式会降低机体免疫力，使人体更容易受到病毒和细菌的侵袭；有基础病史的人群，如患有糖尿病的患者，由于血糖控制不佳，容易并发细菌感染，且感染后不易控制，因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖。
