普通放疗与质子放疗在物理原理、剂量分布、适应证、副作用、治疗费用和适用人群等方面存在差异。普通放疗利用电离辐射源，剂量分布平缓，损伤正常组织多，适用范围广、费用低；质子放疗利用质子束，有布拉格峰，剂量分布集中，损伤正常组织少，在儿童肿瘤、靠近重要器官肿瘤及复发肿瘤等治疗中优势明显，费用高。
一、物理原理方面
1.普通放疗：普通放疗是利用X射线、γ射线等电离辐射源，其射线在穿透人体组织时，剂量分布是遵循指数衰减规律的，在到达肿瘤靶区之前和穿过靶区之后都会有一定剂量的射线能量释放，会对肿瘤周围正常组织造成较多的辐射损伤。
2.质子放疗：质子放疗是利用质子束进行治疗，质子是带正电荷的粒子，在到达肿瘤靶区前，射线能量释放很少，当到达肿瘤靶区特定深度时，会形成一个尖锐的剂量峰，称为布拉格峰，能够精准地将高剂量集中在肿瘤部位，对肿瘤周围正常组织的辐射损伤相对较小。
二、剂量分布方面
1.普通放疗：普通放疗的剂量分布曲线较为平缓，在肿瘤靶区前后的正常组织中都会有一定剂量的照射，这就导致在杀死肿瘤细胞的同时，不可避免地会对周围正常组织造成较多的损伤，尤其是对于一些位于重要器官附近的肿瘤，风险相对较高。例如在治疗脑部肿瘤时，普通放疗可能会对周围的脑组织、视神经等造成一定程度的辐射损伤。
2.质子放疗：质子放疗的剂量分布非常集中，布拉格峰精准地定位在肿瘤部位，能够使肿瘤组织接受高剂量的照射，而肿瘤周围的正常组织仅接受极低剂量的照射，大大降低了对正常组织的损伤风险。以治疗前列腺癌为例，质子放疗可以更好地保护直肠、膀胱等周围正常组织。
三、适应证方面
1.普通放疗：普通放疗适用于多种肿瘤的治疗，对于一些较为常见的、肿瘤位置相对不那么靠近重要器官边缘的肿瘤有较好的疗效，但对于一些肿瘤位置特殊、靠近重要器官的情况，普通放疗的局限性就比较明显，如靠近脊髓的肿瘤等。
2.质子放疗：质子放疗在一些对正常组织器官功能保护要求较高的肿瘤治疗中具有优势，例如儿童肿瘤，由于儿童处于生长发育阶段，周围正常组织对辐射更敏感，质子放疗可以减少对儿童生长发育相关组织的损伤；对于眼部肿瘤、颅底肿瘤等靠近重要器官的肿瘤，质子放疗也能更好地保护周围重要器官功能；此外，对于一些复发肿瘤，由于普通放疗的剂量限制，而质子放疗可以更精准地给予局部高剂量照射，也有较好的应用。
四、副作用方面
1.普通放疗：由于普通放疗对肿瘤周围正常组织的损伤相对较大，所以副作用相对较多。可能会出现放射性皮炎、放射性肺炎（对于胸部肿瘤放疗）、放射性肠炎（对于腹部肿瘤放疗）等，还可能会影响患者的造血功能、免疫系统等，导致患者出现乏力、白细胞降低等情况，对患者的生活质量影响较大，尤其是长期的副作用可能会持续存在并影响患者的生存质量。
2.质子放疗：质子放疗因为对正常组织损伤小，所以副作用相对较轻。例如在治疗过程中引起的放射性损伤相关的副作用如皮肤反应、黏膜反应等相对普通放疗要轻很多，对患者造血功能、免疫系统等的影响也较小，患者在治疗过程中及治疗后的生活质量相对较高，能够更好地保持身体机能和生活自理能力等。
五、治疗费用方面
1.普通放疗：普通放疗的设备相对简单普及，治疗成本相对较低，所以整体治疗费用一般相对质子放疗要低一些。
2.质子放疗：质子放疗的设备昂贵，技术复杂，治疗成本高，所以治疗费用相对较高。例如一台质子治疗设备的造价就非常高昂，这也导致了质子放疗的单次治疗费用比普通放疗高很多。但随着医疗技术的发展和设备的逐步推广，其费用也在逐渐趋于合理，但总体上还是高于普通放疗。
六、适用人群方面
1.普通放疗：普通放疗适用于大多数肿瘤患者，尤其是一些经济条件有限、肿瘤位置相对不是特别靠近重要器官边缘的患者等。
2.质子放疗：对于儿童肿瘤患者，因为质子放疗能减少对儿童生长发育相关组织的损伤，所以更适合；对于一些肿瘤位置靠近重要器官，如眼部、颅底、脊髓旁等部位的肿瘤患者，质子放疗能更好地保护重要器官功能，也更适合；另外，对于一些复发肿瘤患者，由于其肿瘤周围组织可能已经受到过一定剂量的照射，质子放疗的精准性可以在避免对周围正常组织过度照射的情况下给予肿瘤局部高剂量照射，也是比较合适的人群。同时，对于一些身体状况相对较差、对放疗耐受性较低的患者，质子放疗的低副作用特点也能使其从中受益更多。
