长期熬夜对神经系统、心血管系统、免疫系统、消化系统均有不良影响，如干扰神经系统节律增患神经退行性疾病等，使心血管系统应激致患病风险增，削弱免疫系统功能易生病，打乱消化系统节律增胃肠疾病风险等。
一、对神经系统的影响
长期熬夜会干扰神经系统的正常节律。例如，睡眠是大脑清除代谢废物的重要时段，熬夜会影响大脑中β-淀粉样蛋白等代谢废物的清除，长期如此可能增加阿尔茨海默病等神经退行性疾病的风险。对于儿童青少年，神经系统仍处于发育阶段，长期熬夜会影响其大脑的正常发育，可能导致注意力不集中、学习能力下降等问题；而对于成年人，长期熬夜会使神经调节功能紊乱，出现头痛、头晕等症状，还可能引发焦虑、抑郁等心理问题，因为熬夜会影响神经递质如5-羟色胺等的平衡，5-羟色胺与情绪调节密切相关，其水平异常会增加情绪障碍的发生几率。
二、对心血管系统的影响
长期熬夜会使心血管系统长期处于应激状态。熬夜时，体内会分泌如肾上腺素、去甲肾上腺素等应激激素，这些激素会使心率加快、血压升高。有研究表明，长期熬夜人群患高血压的风险比正常作息人群高出约30%。对于有基础心血管疾病病史的人群，如本身患有冠心病，长期熬夜会进一步加重心肌缺血缺氧的情况，增加心绞痛发作甚至心肌梗死的风险。在性别方面，女性长期熬夜可能还会影响内分泌系统，间接对心血管系统产生不良影响，例如导致雌激素分泌紊乱，而雌激素对心血管有一定的保护作用，雌激素水平下降会使女性心血管疾病风险增加。
三、对免疫系统的影响
熬夜会削弱免疫系统的功能。人体的免疫细胞如T淋巴细胞、自然杀伤细胞等的活性和数量在睡眠时会得到调节和补充，长期熬夜会使免疫细胞的功能下降，导致机体抵抗力减弱，更容易受到病原体的侵袭，出现频繁感冒等感染性疾病。儿童免疫系统本就相对较弱，长期熬夜会严重影响其免疫系统的正常发育，使儿童更容易生病；老年人本身免疫力随着年龄增长而下降，长期熬夜会进一步加剧免疫功能的衰退，增加感染性疾病以及肿瘤等疾病的发生风险，因为免疫系统功能下降会影响对异常细胞的识别和清除能力。
四、对消化系统的影响
长期熬夜会干扰消化系统的节律。胃肠道的蠕动、消化液的分泌等都有其自身的节律，熬夜会打乱这些节律。例如，胃黏膜的修复主要在夜间进行，长期熬夜会影响胃黏膜的修复，增加胃炎、胃溃疡等疾病的发生风险。对于有胃肠道基础疾病的人群，如患有胃溃疡，长期熬夜会使病情加重，影响溃疡的愈合。在生活方式方面，长期熬夜的人往往饮食不规律，进一步加重了对消化系统的不良影响，比如可能会过度进食夜宵，而夜间胃肠道消化功能减弱，食物堆积容易引发消化不良等问题。
