叶酸有常见副作用，包括胃肠道反应（部分人服后有恶心、呕吐、腹胀等，空腹更易发生，胃肠病患者更明显）、过敏反应（罕见，有皮疹、瘙痒等，过敏者禁服，过敏倾向者需谨慎）、影响其他营养素代谢（长期大剂量服叶酸会影响锌代谢，孕妇等需注意剂量）、掩盖维生素B缺乏早期表现（长期大剂量用叶酸不补维生素B会掩盖其早期神经损害表现，老年人等需注意）；特殊人群如孕妇、儿童补充叶酸需遵医嘱，有基础疾病者服前应咨询医生。
表现：部分人服用叶酸后可能出现恶心、呕吐、腹胀等胃肠道不适症状。例如，有研究显示，约2%-10%的人在常规剂量服用叶酸时会出现不同程度的胃肠道反应。一般来说，空腹服用叶酸时胃肠道反应相对更易发生，而随餐服用可能会减轻这种不适。对于有胃肠道基础疾病的人群，如患有胃炎、胃溃疡等，服用叶酸后胃肠道反应可能更为明显，因为叶酸可能会对胃肠道黏膜产生一定刺激。
过敏反应
表现：较为罕见，但也有发生。可能出现皮疹、瘙痒、面部肿胀、呼吸困难等过敏症状。如果出现过敏反应，应立即停止服用叶酸，并及时就医。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，有明确叶酸过敏史的人群绝对不能再服用叶酸。在使用叶酸前，对于有过敏倾向的人群需要格外谨慎评估，若必须使用，应在严密监测下进行。
影响其他营养素代谢
表现：长期大剂量服用叶酸（每日超过1mg）可能会影响锌的代谢。锌对于人体的生长发育、免疫功能等都有重要作用，当叶酸干扰锌代谢时，可能导致锌缺乏相关表现，如生长发育迟缓（对于儿童而言）、免疫力下降等。孕妇如果长期大剂量服用叶酸，可能会影响胎儿的锌营养状况，所以孕妇补充叶酸应在医生指导下控制合适剂量。对于本身有锌缺乏风险的人群，如素食者、长期营养不良者等，在服用叶酸时更要注意监测锌的水平，必要时适当补充锌元素。
掩盖维生素B缺乏的早期表现
表现：叶酸可以改善维生素B缺乏引起的贫血症状，但并不能改善神经系统损伤。如果长期大剂量使用叶酸而不补充维生素B，可能会掩盖维生素B缺乏的早期神经系统损害表现，如手脚麻木、步态不稳等，从而延误维生素B缺乏的治疗，导致神经系统损伤进一步加重。老年人由于胃肠道功能可能减退，维生素B吸收相对困难，更容易出现维生素B缺乏，所以老年人在补充叶酸时尤其要注意监测维生素B的水平，避免盲目大剂量补充叶酸。
特殊人群方面，孕妇在补充叶酸时需注意剂量，一般推荐孕妇每日补充0.4-0.8mg的叶酸，过量补充可能增加上述副作用的发生风险。儿童补充叶酸也需要在医生指导下进行合适剂量的补充，避免因剂量不当出现不良反应。对于有特定基础疾病的人群，如胃肠道疾病患者、贫血患者等，在服用叶酸前应咨询医生，评估自身状况后再决定是否服用及确定合适剂量，以最大程度避免叶酸副作用的发生。
