慢性结肠炎的病因主要分为感染性因素、自身免疫性因素、肠道菌群失调、免疫遗传因素及环境与生活方式因素五大类。这些因素通过不同机制导致肠道黏膜慢性炎症反应，且年龄、性别、生活方式及既往病史均会对发病风险和病程产生影响。
一、感染性因素。慢性细菌感染如肠道埃希菌、沙门菌等持续感染，多见于卫生条件差的环境，儿童因手口接触病原体（如玩具污染）更易感染，成年人群若反复食用不洁食物或饮用生水也可能诱发慢性感染；特殊病原体感染如结核分枝杆菌感染肠道，形成慢性肉芽肿性炎症，多见于免疫力低下的老年人；寄生虫感染如贾第虫、阿米巴原虫感染，急性期未彻底治疗可转为慢性炎症，儿童及卫生习惯不佳者风险较高。
二、自身免疫性因素。机体免疫系统误将肠道黏膜组织或菌群成分识别为“外来异物”，引发持续免疫攻击，导致肠道黏膜反复损伤、修复失衡，形成慢性炎症，溃疡性结肠炎和克罗恩病均属于此类疾病。女性发病率略高于男性（男女比约1：1.2），可能与雌激素代谢、自身抗体差异有关。携带特定HLA-B27等基因型者免疫异常风险增加，青少年至中年人群更易因遗传与环境因素叠加发病。
三、肠道菌群失调。正常肠道菌群（如双歧杆菌、乳酸杆菌）数量减少，致病菌（如大肠杆菌、肠球菌）过度增殖，破坏肠道屏障完整性，诱发炎症反应。长期高糖高脂饮食、膳食纤维摄入不足（如加工食品、精细饮食），或饮食不规律（如暴饮暴食、节食），会破坏菌群平衡；儿童期饮食单一（如过度依赖配方奶）可能导致菌群发育不全，成年后不良饮食结构持续损害菌群稳定性。
四、免疫遗传因素。特定基因变异（如NOD2/CARD15基因）与肠道黏膜免疫功能异常相关，携带突变基因者肠道免疫调节能力下降，在环境诱因下更易发病。遗传因素在20-40岁青壮年人群中更易体现，儿童若有先天性免疫缺陷病史（如低丙种球蛋白血症），可能增加慢性感染风险；既往有慢性肠道感染或自身免疫病（如类风湿关节炎）病史者，遗传易感基因作用可能更显著。
五、环境与生活方式因素。长期焦虑、抑郁等负性情绪通过神经-内分泌-免疫轴影响肠道功能，促使促炎因子释放增加，诱发慢性炎症。吸烟（溃疡性结肠炎风险增加约2倍）、长期熬夜（打乱肠道生物钟）、缺乏运动（降低肠道蠕动和免疫细胞活性）均可能加重肠道炎症。儿童长期使用广谱抗生素（如庆大霉素）可能破坏肠道菌群，老年人因肠道黏膜萎缩、修复能力下降，对不良生活方式耐受性更差。
