根据疫苗所含病毒毒株种类三价流感疫苗含甲型H1N1、甲型H3N2和乙型Victoria系毒株，四价在此基础上额外增加乙型Yamagata系毒株覆盖更广泛；预防流感范围四价更广；适用接种人群年龄范围一般均适用于月龄及以上人群但四价对特定人群可能更针对性；接种后免疫效果理论上四价因覆盖种类多更全面但实际受多种因素影响。
三价流感疫苗：一般包含甲型H1N1流感病毒株、甲型H3N2流感病毒株和乙型流感病毒B型Victoria系毒株。
四价流感疫苗：在三价流感疫苗所含毒株基础上，额外增加了乙型流感病毒B型Yamagata系毒株，覆盖的流感病毒类型更广泛。
预防流感的范围
三价流感疫苗：能预防三种类型的流感病毒引起的流感，对甲型H1N1、甲型H3N2以及乙型Victoria系流感病毒感染有预防作用。
四价流感疫苗：由于额外包含了乙型Yamagata系毒株，相比三价流感疫苗，能预防四种类型的流感病毒引起的流感，对乙型流感的预防范围进一步扩大，能更好地覆盖可能流行的乙型流感病毒类型。
适用接种人群的年龄范围等差异（以一般情况为例）
三价流感疫苗：不同厂家的三价流感疫苗可能在适用年龄范围上有一定差异，但通常适用于6月龄及以上人群接种。
四价流感疫苗：同样不同厂家的四价流感疫苗适用年龄范围有差异，一般也适用于6月龄及以上人群接种，不过在一些情况中，对于某些特定年龄儿童或成人的接种适用性，可能基于毒株覆盖等因素有相似的适用情况，但整体覆盖的流感病毒类型更多，对于一些因乙型流感病毒Yamagata系流行风险较高的人群，可能有更针对性的保护，但具体还需根据疫苗说明书和实际接种指南来确定。例如，对于6月龄-8岁首次接种流感疫苗的儿童，如果选择四价流感疫苗，因为其能覆盖更多乙型流感毒株类型，可能在预防相应流感病毒感染上有更好的全面性，但最终接种选择还需综合考虑当地流感流行情况等多种因素。对于成人来说，两种疫苗都可以根据自身情况和当地流感流行病毒类型等因素来选择接种。
接种后产生的免疫效果差异
从理论上来说，四价流感疫苗因为覆盖的流感病毒种类更多，在理论上能提供更全面的免疫保护，降低感染不同类型流感病毒的风险。但实际的免疫效果还受到多种因素影响，比如个体的免疫应答情况、接种时的健康状况等。有研究表明，在合适的接种人群中，两种疫苗都能有效诱导机体产生针对相应流感病毒的抗体，不过四价疫苗由于覆盖毒株更多，对于那些感染风险中包含更多乙型流感病毒类型的人群，可能在免疫保护的广度上更有优势。例如，在一些大规模的疫苗接种效果观察研究中，对于儿童群体，接种四价流感疫苗后，在预防因不同类型流感病毒引起的流感发病方面，有数据显示其保护效果在覆盖毒株相关方面有更好的表现，但这也不是绝对的，具体还需结合具体的研究数据和实际接种情况来综合评估。
