基孔肯雅热和寨卡病毒的区别在于病原体不同、症状表现不同、传播情况不同等。
1.病原体不同
基孔肯雅热由基孔肯雅病毒引起，属于披膜病毒科甲病毒属；寨卡病毒则属于黄病毒科黄病毒属，二者在病毒分类上不同。
2.症状表现不同
基孔肯雅热以突然高热、剧烈关节疼痛为主要特征，关节疼痛常累及多个小关节，严重影响活动；寨卡病毒感染症状相对较轻，常见发热、皮疹、结膜炎、肌肉和关节痛等，部分患者会出现头痛、眼后痛及全身乏力，孕妇感染寨卡病毒还可能导致胎儿出现小头畸形等严重先天缺陷。
3.传播情况不同
二者都主要通过伊蚊传播，但流行地区和季节性略有不同。基孔肯雅热在非洲、亚洲和欧洲部分地区有流行；寨卡病毒曾在美洲、太平洋岛国等地大规模传播，且传播受气候、蚊虫密度等因素影响，在不同地区流行季节有所差异。
