肛瘘治疗分非手术和手术，非手术有坐浴（婴幼儿坐浴需特注意水温等）和抗感染（儿童用抗生素要调剂量观反应），手术有瘘管切开术（适低位肛瘘老年患者术前术后有要求）、挂线疗法（适特定肛瘘小儿患者要注意松紧度等）、肛瘘切除术（适低位单纯性肛瘘糖尿病患者术前控血糖术中术后有要求）。
非手术治疗：
坐浴：可使用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴，每日1-2次，每次10-15分钟，能改善局部血液循环，保持局部清洁，缓解症状，但无法根治肛瘘。对于婴幼儿肛瘘，由于其身体机能尚未完全发育，坐浴时需特别注意水温，避免烫伤，且坐浴时间不宜过长，一般3-5分钟即可，同时要选择温和的坐浴溶液，减少对婴幼儿皮肤和黏膜的刺激。
抗感染治疗：当肛瘘出现感染、红肿热痛等炎症表现时，可根据病情选用抗生素，如头孢类抗生素等，但抗生素治疗只能暂时控制感染症状，不能治愈肛瘘。对于儿童肛瘘患者，使用抗生素时要严格按照儿童的体重、年龄等调整剂量，密切观察药物不良反应。
手术治疗：
瘘管切开术：是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因低位肛瘘的瘘管多位于外括约肌浅层以下，切开后仅损伤外括约肌皮下部和浅部，一般不会引起肛门失禁。对于老年肛瘘患者，身体机能相对较弱，手术前要全面评估患者的心肺功能等，确保患者能耐受手术；术后要加强创面护理，预防感染，促进伤口愈合。
挂线疗法：利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3-5cm内，有内外口的低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。对于小儿肛瘘患者，由于其肛门括约肌发育尚未成熟，挂线时要注意松紧度，避免过度切割导致肛门失禁，同时要密切观察挂线后的反应，及时调整护理措施。
肛瘘切除术：切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合；若创面较大，可部分缝合，部分敞开，适用于低位单纯性肛瘘。对于糖尿病肛瘘患者，由于高血糖环境不利于伤口愈合，术前要严格控制血糖，手术中要注意无菌操作，术后加强血糖监测和创面护理，预防感染和促进伤口愈合。
