肛瘘的主要原因是肛周脓肿继发感染，占肛瘘病例的80%以上，其余原因包括感染性疾病、特殊人群风险、不良生活方式及其他因素。
一、肛周脓肿继发感染：肛周脓肿是肛瘘最主要的病因，约85%的肛瘘由肛周脓肿发展而来。肛腺位于肛门瓣与肛窦交界处，因窦口易受粪便污染、异物刺激或损伤，导致腺管狭窄、堵塞，细菌（如大肠杆菌、厌氧菌）繁殖引发感染，炎症沿肛腺导管扩散至肛周间隙，形成肛周脓肿。脓肿若未及时彻底引流，或自行破溃后外口愈合，内口持续感染，炎症反复刺激肛周组织，可形成窦道，即肛瘘。糖尿病患者、免疫力低下者因脓肿愈合能力差，肛周脓肿发展为肛瘘的风险更高。
二、感染性疾病引发肛瘘：克罗恩病是常见的炎症性肠病，肛周受累率达20%~30%，其非干酪性肉芽肿性炎症可破坏肛周括约肌、肛周皮肤及皮下组织，形成肛瘘。结核杆菌感染所致肛瘘虽少见，但在结核高发地区或免疫力低下人群中，结核分枝杆菌可通过血行或直接蔓延至肛周，引发慢性感染，形成结核性肛瘘。溃疡性结肠炎患者肠道黏膜炎症可波及肛周，若合并肛周感染未控制，也可能发展为肛瘘。
三、特殊人群的易感因素：糖尿病患者因长期高血糖抑制中性粒细胞功能，降低局部免疫力，肛周感染风险增加5~10倍，且感染后愈合困难，易形成肛瘘。器官移植术后长期使用免疫抑制剂者，免疫力受抑制，感染控制能力下降，肛周感染后发展为肛瘘的概率显著升高。婴幼儿肛周皮肤薄嫩，若尿布更换不及时、粪便残留刺激，易引发肛周感染，若感染累及肛腺，可因婴幼儿免疫功能尚未完善，感染扩散较快，增加肛瘘发生风险。
四、不良生活方式与肛瘘诱因：长期便秘或腹泻导致排便时肛门压力异常，反复刺激肛腺及肛周组织，易引发肛腺感染。久坐、缺乏运动使肛周血液循环减慢，局部营养供应不足，组织抵抗力下降，易成为感染的“温床”。饮食中辛辣刺激食物、酒精可加重肠道炎症反应，诱发肛周充血水肿，增加感染概率。此外，熬夜、精神压力大等因素导致免疫力下降，也可能间接增加肛瘘风险。
五、其他少见因素：肛门直肠外伤（如手术损伤、异物损伤）可直接破坏肛周结构，若损伤累及肛腺或形成开放性创口，易继发感染形成肛瘘。先天性肛门直肠畸形（如先天性肛瘘）虽少见，但胚胎发育异常导致肛周组织发育不全，可伴随肛瘘，需通过手术修复。长期使用广谱抗生素可能破坏肠道菌群平衡，继发肛周厌氧菌感染，诱发肛瘘。
