引起肛瘘的病因以肛腺感染继发肛周脓肿为核心，其他因素包括炎症性肠病、特殊病原体感染、外伤及肿瘤等。
1. 肛腺感染与肛周脓肿：这是肛瘘最主要的病因。肛腺位于肛门内括约肌与外括约肌之间，其导管开口于肛窦（肛瓣下方的隐窝）。粪便残渣易嵌塞肛窦，引发肛腺炎，炎症沿肛腺导管蔓延至肛周间隙（如坐骨直肠窝、肛周皮下等）形成肛周脓肿。脓肿破溃或切开引流后，若内口未彻底处理，残留的感染通道会形成肛瘘。临床研究显示，约90%肛瘘患者既往有肛周脓肿病史，其中50%与肛腺感染直接相关。青壮年男性发病率较高，与男性肛腺发育更旺盛、肛周间隙结构差异有关。长期便秘或腹泻者因排便压力波动，易导致肛窦反复损伤，增加感染风险。
2. 炎症性肠病：克罗恩病、溃疡性结肠炎等炎症性肠病是肛瘘的重要病因。克罗恩病可累及全消化道，肛周病变发生率达20%~30%，炎症侵蚀肛周组织形成瘘管，瘘管多为复杂性、反复发作。溃疡性结肠炎患者因肠道黏膜屏障破坏，肛周感染概率升高，约5%~10%患者可并发肛瘘。糖尿病患者因免疫力低下，肛周感染愈合能力差，若合并肛腺感染或肛周脓肿，肛瘘发生率是非糖尿病患者的3倍以上。
3. 特殊病原体感染：结核分枝杆菌、放线菌等病原体感染可引发肛周慢性炎症。结核性肛瘘多见于免疫力低下人群，病程长、瘘管反复流脓，常伴低热、盗汗等全身症状。放线菌感染多与口腔卫生差或肠道菌群失调有关，肛周形成窦道后易继发混合感染。免疫功能低下者（如长期使用激素、HIV感染者）感染风险增加，特殊病原体感染导致的肛瘘占比约5%~8%。
4. 外伤与医源性因素：肛门直肠损伤（如异物、手术损伤）、分娩撕裂等可破坏肛周组织完整性，形成感染通道。内痔手术（如吻合器痔上黏膜环切术）若操作不当损伤肛周黏膜，或肛瘘术后内口处理不彻底，残留的感染源可诱发肛瘘复发。儿童肛瘘中约15%与产钳助产损伤或肛周皮肤感染有关，孕妇因盆底组织充血、激素水平变化，肛周静脉回流减慢，易形成血栓性外痔继发感染，增加肛瘘风险。
5. 肿瘤因素：直肠肛管癌、肛门周围恶性肿瘤可侵犯肛周组织形成瘘管。肿瘤导致的肛瘘多为单侧、病程短，伴便血、肛门肿块等症状，需与慢性感染性肛瘘鉴别。克罗恩病患者并发肛周肿瘤的风险是普通人群的3~5倍，需定期筛查肠镜。
特殊人群需注意：婴幼儿肛瘘罕见，多因先天性肛腺发育异常或肛周皮肤感染；老年患者因肠道蠕动减慢、便秘高发，肛腺感染风险增加，且糖尿病、高血压等基础病易加重感染；长期久坐、喜食辛辣食物者应避免久坐，保持排便通畅，可降低肛瘘发病风险。
