扁桃体发炎由多种因素引起，病原体感染方面细菌有A组乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌等，病毒有腺病毒、鼻病毒、流感病毒等；免疫力因素包括年龄（儿童青少年免疫未熟、老人免疫衰退）、生活方式（缺乏运动、劳累、睡眠不足、饮食不均衡）、基础病史（糖尿病、自身免疫病患者易发病）；环境因素有气候骤变（致免疫降、防御功能低）、空气污染（刺激黏膜、易致病原体侵入）。
A组乙型溶血性链球菌：是引发扁桃体发炎最常见的细菌病原体。这种细菌常存在于人的咽部及扁桃体隐窝内，当人体抵抗力下降时，如受凉、过度劳累等，细菌大量繁殖，就会侵袭扁桃体，导致炎症发生。例如，在儿童群体中，由于免疫系统发育尚不完善，更容易受到A组乙型溶血性链球菌的侵袭而引发扁桃体发炎。
葡萄球菌：也是可能引起扁桃体发炎的细菌之一，可单独感染扁桃体，也可与其他病原体混合感染。
肺炎链球菌：有时也会导致扁桃体出现炎症反应。
病毒感染：
腺病毒：是引起扁桃体发炎的常见病毒之一，可通过飞沫传播等途径感染人体扁桃体，引发炎症。在病毒性扁桃体炎中，腺病毒感染较为多见，尤其在青少年群体中相对常见。
鼻病毒：也可导致扁桃体发炎，通常引起的症状相对较轻，但也会使扁桃体出现红肿等炎症表现。
流感病毒：感染人体后，除了引起流感的全身症状外，也可能累及扁桃体，导致扁桃体发炎。
免疫力因素
年龄因素：儿童和青少年的扁桃体相对较为活跃，免疫系统发育还不够成熟，相比成年人更容易受到病原体的侵袭而发生扁桃体发炎。例如，3-10岁的儿童扁桃体炎发病率较高。而老年人由于免疫力逐渐衰退，也可能因抵抗力下降，容易遭受病原体感染引发扁桃体发炎。
生活方式：长期缺乏运动、过度劳累、睡眠不足等不良生活方式会影响人体的免疫力。比如，经常熬夜的人，身体的免疫功能会受到影响，使得扁桃体抵御病原体的能力下降，从而增加扁桃体发炎的风险。另外，饮食不均衡，如长期摄入过多辛辣、油腻等刺激性食物，也可能影响扁桃体的健康，降低其对病原体的防御能力。
基础病史：患有一些慢性疾病的人群，如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抵抗力会受到影响，容易发生各种感染，包括扁桃体发炎。还有自身免疫性疾病患者，其自身免疫系统处于异常状态，也可能更容易出现扁桃体发炎的情况。
环境因素
气候因素：气温骤变，如寒冷的天气会使人体血管收缩，免疫力下降，呼吸道局部的防御功能降低，容易导致病原体入侵扁桃体引发炎症。例如，在季节交替时，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，就容易引发扁桃体发炎。
空气污染：长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体黏膜，损伤其表面的防御屏障，使病原体更容易侵入，从而增加扁桃体发炎的几率。比如在工业污染较为严重的地区，居民患扁桃体发炎的概率可能相对较高。
