脑电图（EEG）与脑CT在原理、成像方式、检查侧重点、适用情况、辐射安全性及图像细节与局限性方面存在差异。EEG通过头皮电极记录脑电活动，侧重脑功能，无辐射，能提供脑电时间序列信息但对细微解剖结构显示不直观，适用于脑功能异常相关疾病；脑CT利用X线断层扫描成像，重点观察脑部解剖结构，有一定辐射，对急性脑出血等敏感但对某些病变不够敏感且后颅窝观察受限，适用于脑部结构性病变。
脑CT（电子计算机断层扫描）：利用X射线对头部进行断层扫描，然后通过计算机处理重建图像，是利用X线衰减差异来成像，属于解剖结构成像。
检查侧重点
EEG：主要侧重于脑功能方面，比如癫痫患者发作间期或发作期脑电异常放电的捕捉，能发现脑电活动的异常改变，对癫痫、睡眠障碍等脑功能相关疾病的诊断、鉴别诊断及病情监测有重要价值，尤其对癫痫的诊断阳性率较高，可发现常规脑电图不易记录到的痫性放电。
脑CT：重点在于观察脑部的解剖结构，如是否存在脑出血、脑梗死、脑肿瘤、脑萎缩、颅骨骨折等结构性病变，能清晰显示脑部的骨骼、脑实质等的形态、密度变化。
适用情况
EEG：适用于怀疑有脑功能异常相关疾病的情况，像怀疑癫痫发作，但发作不频繁，普通脑电图未记录到异常时，可进行24小时动态脑电图监测；对于评估昏迷患者脑功能状态、判断睡眠障碍类型等也有帮助。
脑CT：适用于怀疑有脑部结构性病变的情况，比如突然出现头痛、呕吐、肢体活动障碍等，首先考虑脑CT检查以排除脑出血、脑梗死等；头部外伤后怀疑有颅骨骨折、颅内出血等情况时，脑CT是首选检查方法。
辐射与安全性
EEG：无辐射，对人体没有辐射危害，各年龄人群均可进行，包括儿童、孕妇等（孕妇进行脑电图检查时，电极放置等操作一般不会对胎儿造成不良影响）。
脑CT：有一定辐射，虽然单次检查辐射剂量在安全范围内，但对于孕妇、儿童等特殊人群需谨慎，孕妇除非病情急需，一般应尽量避免脑CT检查，儿童由于对辐射更敏感，也需严格掌握检查适应证，能通过其他非辐射检查明确病情的尽量不选择脑CT。
图像细节与局限性
EEG：能提供脑电活动的时间序列信息，但对脑部细微解剖结构的显示不直观，比如对于很小的脑肿瘤等结构异常，单纯脑电图难以发现。
脑CT：对急性脑出血等显示敏感，但对于一些早期脑梗死、某些功能性病变（如轻度的认知功能障碍早期）等的诊断有时不够敏感，且对于后颅窝等部位由于骨窗伪影等影响，观察可能受限。
