肾囊肿症状表现多样，部分早期无症状，体检偶然发现；有症状时可表现为腰部及腹部不适或疼痛、血尿、腹部肿块、高血压、肾功能损害等，较大或多发肾囊肿易引发相关不适与功能异常，不同情况患者表现有差异需注意鉴别排查。
部分肾囊肿患者早期可能没有明显症状，往往是在体检（如腹部超声、CT等影像学检查）时偶然发现肾囊肿。这是因为囊肿较小时，对肾脏的结构和功能影响不大，身体没有明显的不适感觉。例如，一些单纯性肾囊肿直径较小（通常小于4厘米）时，肾脏的滤过、重吸收等基本功能未受明显干扰，患者自身难以察觉异常。
有症状表现
腰部及腹部不适或疼痛：当肾囊肿较大时，可能会牵拉肾脏包膜，或者压迫周围组织，从而引起腰部或腹部的隐痛、胀痛等不适。一般疼痛程度不一，有的患者感觉是轻微的酸胀感，有的则可能较为明显。比如，直径大于5厘米的肾囊肿，对肾脏包膜的牵拉作用相对更明显，容易导致腰部酸痛等症状。对于女性患者，由于盆腔解剖结构等因素，可能在感觉上与男性有所不同，但本质都是囊肿对周围组织的压迫引起。而长期从事重体力劳动或剧烈运动的人群，肾囊肿引起的腰部不适可能会因活动而加重。
血尿：少数肾囊肿患者可能出现血尿情况。这是因为囊肿较大时，可能会破坏肾脏内的血管，或者与肾盂、肾盏相通，导致红细胞进入尿液中。血尿可表现为镜下血尿（需要通过显微镜检查尿液才能发现红细胞），也可能是肉眼血尿（尿液呈红色）。但需要注意与其他引起血尿的疾病相鉴别，比如泌尿系统结石、肿瘤等。对于儿童患者出现血尿时，更要谨慎排查肾囊肿等肾脏疾病，因为儿童的肾脏疾病表现可能相对不典型。
腹部肿块：当肾囊肿体积较大时，有的患者可在腹部摸到肿块。一般肿块表面光滑，质地较硬，在肾脏所在的区域可触及。比如，通过触诊发现上腹部偏侧有可触及的肿块，结合影像学检查可明确为增大的肾囊肿。但这种情况相对较少见，多在囊肿较大时才会出现。
高血压：肾囊肿也可能引起高血压。其机制可能是囊肿压迫肾脏，导致肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活，从而使血压升高。对于有肾囊肿的高血压患者，在控制血压时，需要考虑肾囊肿对血压的影响因素。比如，积极治疗肾囊肿可能有助于血压的控制。不同年龄阶段的患者，高血压的表现可能有所不同，儿童高血压相对更需重视潜在的肾脏疾病因素，而中老年患者则要综合考虑其他心血管疾病等因素，但肾囊肿都是需要排查的因素之一。
肾功能损害：如果肾囊肿数量较多、体积较大且累及多个肾单位时，可能会逐渐影响肾脏的功能，导致肾功能损害。早期可能仅表现为肾小球滤过率轻度下降等，随着病情进展，可能出现血肌酐升高等情况。对于有基础肾脏疾病或本身肾功能不佳的人群，肾囊肿的存在可能会加重肾功能的恶化。比如，本身患有慢性肾炎的患者合并肾囊肿，肾功能下降可能会更快。在儿童中，如果存在先天性的多囊肾等遗传性肾囊肿疾病，往往会较早出现肾功能损害的表现，需要密切监测儿童的生长发育及肾功能情况。
