大脑炎后遗症可引发多种障碍，包括运动功能障碍（病变累及控制运动神经结构，影响儿童生长发育及成年工作生活等）、认知障碍（大脑认知相关区域受损，影响儿童学习智力及成年职业社交等）、精神行为异常（病变波及情感精神调节区域，影响儿童心理健康及成年家庭社会适应等）、癫痫发作（脑内有神经元异常放电病灶，影响儿童脑部发育学习及成年意外伤害等）、言语障碍（大脑语言中枢受损，影响儿童语言学习社交及成年交流工作等）、视力听力障碍（大脑视觉听觉相关神经传导通路或中枢区域受损，影响儿童感知学习及成年信息获取等）。
影响因素：大脑炎病变累及了控制运动的神经结构，如大脑皮层运动区、锥体系等。对于儿童患者，运动功能障碍可能会影响其正常的生长发育和未来的生活自理能力及社会参与度；成年患者则可能影响其工作和日常生活活动。
认知障碍
表现：患者可能出现记忆力减退，尤其是近期记忆力下降明显，难以记住新发生的事情；注意力不集中，很难长时间专注于某件事物；还可能存在计算力下降，如不能准确进行简单的算术运算；严重时可能出现定向力障碍，不认识自己的亲人、所处的地点等。
影响因素：大脑炎导致大脑的认知相关区域受损，如海马体与记忆有关，额叶等与注意力、执行功能等有关。儿童认知障碍可能影响其学习能力和智力发展；成年患者则会影响其职业能力和社会交往能力。
精神行为异常
表现：部分患者可能出现情绪不稳定，容易激动、暴怒或抑郁；有的会出现精神症状，如幻觉（看到不存在的东西、听到不存在的声音等）、妄想（毫无根据地坚信一些错误的信念）；还可能出现行为异常，如躁动不安、攻击性行为、刻板行为等。
影响因素：病变波及了大脑的情感、精神调节区域，如边缘系统等。儿童精神行为异常可能影响其心理健康和与他人的相处；成年患者会影响其家庭关系和社会适应能力。
癫痫发作
表现：大脑炎后遗症患者可能会出现癫痫发作，发作形式多样，常见的有全身性强直-阵挛发作，表现为突然意识丧失、全身抽搐、口吐白沫、牙关紧闭等；也有部分患者表现为部分性发作，如单纯部分性发作可出现局部肢体的抽搐、感觉异常等，复杂部分性发作可能出现意识模糊、自动症（如反复咀嚼、搓手等无目的动作）等。
影响因素：大脑炎造成脑内神经元异常放电的病灶。对于儿童癫痫患者，频繁发作可能影响其脑部发育和学习；成年患者癫痫发作可能导致意外伤害等情况。
言语障碍
表现：可能出现失语症，如运动性失语，患者能理解他人言语，但自己不能准确表达；感觉性失语，患者能发音，但不能理解他人言语和自己所说的话；还可能有构音障碍，表现为发音不清、说话费力等，患者无法清晰准确地发出声音来表达自己的意思。
影响因素：大脑语言中枢受损，如布洛卡区与运动性失语相关，韦尼克区与感觉性失语相关等。儿童言语障碍会影响其语言学习和社交沟通；成年患者则影响其正常的交流和工作。
视力、听力障碍
表现：部分大脑炎后遗症患者可能出现视力下降，视物模糊，严重时可能失明；也可能出现听力减退，对声音的感知能力下降，严重时可能全聋。
影响因素：大脑中与视觉、听觉相关的神经传导通路或中枢区域受损。儿童视力、听力障碍会影响其感知外界和学习的能力；成年患者则影响其日常生活和工作中的信息获取。
