小儿真菌性肺炎由多种因素引起，包括机体免疫功能低下、广谱抗生素不合理使用、长期住院及医疗操作因素、基础疾病影响，机体免疫功能低下时易遭真菌侵袭，不合理用广谱抗生素会破坏菌群平衡致真菌繁殖，长期住院及医疗操作破坏呼吸道屏障，基础疾病也利于真菌生长繁殖。
机体免疫功能低下：小儿自身免疫系统尚不完善，尤其是婴幼儿，免疫功能相对较弱。当患有某些基础疾病，如长期患有白血病、恶性肿瘤等，或因长期使用免疫抑制剂（如器官移植后使用的免疫抑制药物）、接受大剂量放疗等情况时，机体的免疫防御功能受到抑制，容易遭受真菌侵袭引发肺炎。例如，长期使用免疫抑制剂的患儿，其体内的免疫细胞功能受到影响，不能有效抵御真菌的感染，使得真菌有机会在肺部生长繁殖导致肺炎。
广谱抗生素的不合理使用：小儿在治疗细菌感染性疾病时，如果长时间、不规范地使用广谱抗生素，会破坏呼吸道原有的正常菌群平衡。正常菌群对一些条件致病性真菌有抑制作用，当正常菌群被大量杀灭后，原本处于劣势的条件致病性真菌（如白色念珠菌、曲霉菌等）就会大量繁殖，进而侵入肺部引起真菌性肺炎。比如，在治疗小儿细菌性肺炎时，不根据病情合理选择抗生素，过度使用广谱抗生素，就可能诱发真菌性肺炎。
长期住院及医疗操作因素：小儿长期住院，尤其是入住重症监护病房等环境，接触真菌的机会增多。而且一些侵入性医疗操作，如气管插管、气管切开、机械通气、中心静脉置管等，破坏了呼吸道的屏障功能，为真菌进入肺部创造了条件。例如，气管插管会损伤呼吸道黏膜，使真菌更容易定植在肺部引发感染；机械通气过程中，气道湿化、管理等环节如果操作不当，也可能增加真菌性肺炎的发生风险。
基础疾病影响：患有先天性心脏病等基础疾病的小儿，由于心肺功能受到影响，机体的氧合及血液循环等出现异常，肺部局部的血液循环和氧供可能发生改变，有利于真菌的生长繁殖。另外，患有糖尿病的小儿，高血糖的环境也为真菌的生长提供了有利条件，容易并发真菌性肺炎。
