藿香正气水可能引起胃肠道不适、过敏反应、对神经系统有影响、长期或过量服用对肝肾功能有影响及与某些药物同时使用有相互作用，胃肠道不适因成分刺激黏膜，过敏与个体过敏体质有关，神经系统影响与药物成分对神经作用有关，肝肾功能影响与剂量及个体肝肾功能状态有关，相互作用需注意与相关药物同用时的风险。
藿香正气水可能引起胃肠道方面的副作用，部分人服用后会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。这是因为其成分中的某些物质可能对胃肠道黏膜产生刺激，尤其是本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎的患者，服用后胃肠道不适的症状可能更易出现。
过敏反应
少数人可能对藿香正气水中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒、头晕、心慌等过敏表现。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，不同性别、年龄的人群都有可能发生过敏，但过敏体质者相对更易出现。例如有明确药物过敏史的人群，在服用藿香正气水时发生过敏的风险可能更高。
对神经系统的影响
个别人服用后可能出现头晕、乏力等神经系统方面的不适。这可能与药物成分对神经系统的作用有关，一般来说，正常人群服用后出现此类症状的概率相对较低，但对于本身有神经系统基础疾病的人群，如患有脑血管疾病的患者，需谨慎使用，因为药物可能对神经系统产生额外影响。
对肝肾功能的影响
正常剂量下，藿香正气水对肝肾功能的影响较小，但长期或过量服用可能会加重肝、肾的代谢负担。对于本身肝肾功能不全的人群，如患有慢性肝炎、肾炎的患者，更应格外注意，因为他们的肝、肾代谢能力较弱，服用后可能影响肝肾功能的正常状态。
与其他药物的相互作用
藿香正气水与某些药物同时使用时可能产生相互作用，影响药效或增加不良反应的发生风险。例如与降压药、降糖药等同时服用时，需要密切关注身体状况，因为其成分可能干扰这些药物的代谢或作用机制，对于同时患有多种疾病需要联合用药的人群，如患有高血压合并糖尿病的患者，在服用藿香正气水时应咨询医生，评估药物相互作用的风险。
