女性感染HPV后的常见症状分无明显症状和生殖道疣状病变相关症状。多数女性感染后无明显自觉症状，免疫力正常女性尤其是感染低危型HPV的年轻女性常见；感染低危型HPV如6、11等可致生殖道尖锐湿疣，病变部位有相应丘疹等表现且可能伴瘙痒等；高危型HPV持续感染如16、18等初期多无症状，长期可致宫颈病变，有阴道不规则出血、分泌物异常等，不同年龄、生活方式及特殊人群感染后症状有差异。
多数女性感染HPV后并没有明显的自觉症状，这是因为人体的免疫系统有可能在感染HPV后的一段时间内将病毒清除，这种情况在免疫力正常的女性中较为常见，尤其是感染低危型HPV的年轻女性，很多人都是在体检筛查时偶然发现感染HPV的。
生殖道疣状病变相关症状
低危型HPV感染相关：当感染低危型HPV，如HPV6、11等时，可能会引起生殖道尖锐湿疣。病变多见于大小阴唇、阴道口、会阴、肛周等部位。初期可能表现为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，随后可逐渐增大增多，形成乳头状、菜花状或鸡冠状赘生物，可能伴有瘙痒、灼痛等症状，部分患者还可能出现局部的异物感。
高危型HPV持续感染相关：如果是高危型HPV持续感染，尤其是高危型HPV16、18等，在感染初期可能没有明显症状，但长期持续感染可能会引起宫颈病变等。随着病情发展，可能出现阴道不规则出血，例如性生活后出血、绝经后阴道出血等；也可能出现阴道分泌物增多，分泌物的颜色、性状可能发生改变，如变为脓性、伴有异味等。如果病变累及到周围组织，还可能出现下腹部疼痛等症状，但这种情况相对较少见，往往是病情进展到较严重阶段才会出现。
不同年龄阶段的女性感染HPV后症状可能有所差异，年轻女性免疫系统相对较强，感染低危型HPV出现生殖道疣状病变时，可能症状相对更易被察觉；而绝经后的女性由于雌激素水平下降等因素，感染HPV后如果出现宫颈病变等情况，症状可能不典型，更需要通过定期筛查来发现问题。有多个性伴侣、性生活过早等不良生活方式的女性感染HPV的风险较高，感染后出现相关症状的概率可能相对增加；而本身有免疫缺陷性疾病，如艾滋病患者等特殊人群感染HPV后，病情可能进展更快，症状可能更严重且不易控制。
