松果体囊肿多数无症状为偶然发现，部分患者会出现症状，包括内分泌相关症状，如儿童睡眠障碍、成年女性月经周期紊乱及男性性功能减退等；神经系统症状，如间断性枕部或额部头痛、囊肿压迫致梗阻性脑积水引发的视力下降等视力障碍、眼球向上注视困难等眼球运动障碍；少数患者还可能出现眩晕、耳鸣等其他症状，且不同人群症状表现及原有病史对其影响各异。
内分泌相关症状：若囊肿影响松果体正常功能，可能导致内分泌紊乱。在儿童中，可能影响褪黑素的分泌，进而影响睡眠节律，出现睡眠障碍，表现为入睡困难、睡眠易惊醒等。对于成年患者，可能影响性激素的调节，女性可能出现月经周期紊乱，男性可能有性功能减退等表现。这是因为松果体在正常生理中对内分泌系统有一定的调节作用，囊肿破坏其正常结构和功能后，会干扰相关激素的分泌平衡。
神经系统症状
头痛：是较为常见的症状之一，多为间断性的枕部或额部疼痛。这是由于囊肿可能对周围脑组织产生一定的压迫或刺激，影响颅内的神经传导和压力平衡，从而引发头痛。不同年龄的患者头痛表现可能有所差异，儿童可能表述不清头痛的具体部位，但会表现出烦躁不安等情绪变化；成年患者则能较明确地描述头痛的部位和性质。
视力障碍：当囊肿压迫中脑导水管等结构时，可能引起梗阻性脑积水，导致颅内压升高，进而影响视神经，出现视力下降、视野缺损等症状。例如，可能出现双颞侧偏盲等情况。这种视力障碍的发生与颅内压升高对视神经的压迫和损伤有关，不同年龄患者的视力改变可能在发现时间和严重程度上有所不同，儿童由于身体发育尚未完全，视力障碍可能更易被忽视，而成年患者则能较早察觉视力的变化。
眼球运动障碍：部分患者可能出现眼球运动异常，如眼球向上注视困难等。这是因为松果体区域周围有支配眼球运动的神经结构，囊肿的存在可能影响这些神经的正常功能，导致眼球运动受限。不同年龄患者的眼球运动障碍表现可能因个体差异和囊肿影响程度不同而有所区别，儿童在检查眼球运动时可能需要更耐心的引导和观察。
其他症状：少数患者可能出现眩晕、耳鸣等症状，但相对较少见。眩晕可能与囊肿导致的平衡调节相关结构受影响有关，耳鸣则可能是由于颅内压力变化等因素影响了耳部的神经功能。对于不同生活方式的人群，症状的表现和严重程度可能会有所不同，例如长期从事高强度脑力劳动的人群，可能更容易关注到头痛等症状的变化，而生活方式较为规律的人群可能对视力障碍等症状的察觉相对较晚。此外，有既往头部外伤史或其他神经系统疾病史的患者，松果体囊肿相关症状的表现可能会受到原有病史的影响，需要更加细致地进行鉴别诊断。
