HPV病毒能否彻底清除存在差异，大部分免疫力正常者低危型HPV感染1-2年左右可自然清除，高危型部分也可在数月至2年左右清除；持续感染时可通过医疗手段辅助，不同人群清除情况有差异，儿童、老年、男女性别、生活方式、病史等均有影响，生活方式健康、无严重基础疾病者相对易靠自身免疫清除，免疫缺陷者难清除。
一、自然清除情况
人体自身的免疫系统具有一定清除hpv病毒的能力。对于大部分免疫力正常的人感染hpv病毒后，约60%-90%的低危型hpv病毒感染可在1-2年内通过自身免疫系统自然清除，高危型hpv病毒感染也有部分可在数月至2年左右通过免疫系统清除，但具体时间因个体差异而异，一般来说，年轻、免疫力良好的人群相对更易自然清除hpv病毒。
二、医疗干预下的清除情况
1.对于持续感染的处理
当出现hpv病毒持续感染时，可通过一些医疗手段辅助清除。比如对于宫颈部位的高危型hpv持续感染，若伴有宫颈病变，可根据病变程度采取相应治疗，如宫颈病变较轻时可定期观察，病变较明显时可能会进行激光、冷冻等物理治疗来去除病变组织，在一定程度上有助于清除hpv病毒相关的病变环境，从而促进病毒清除，但这并非直接针对病毒的清除，而是通过处理病变来间接影响病毒状态。
目前也有一些针对hpv病毒的生物制剂等可能在辅助清除病毒方面有一定研究，但都需要严格的临床验证。
2.不同人群的差异
年龄因素：儿童感染hpv相对较少见，若儿童感染hpv，由于儿童免疫系统尚在发育过程中，其清除病毒的能力与成人有所不同，但总体来说，儿童自身免疫力有一定作用，不过相比成年人，可能在清除时间等方面会有差异，且儿童感染hpv后需密切关注，但一般也有一定概率通过自身免疫清除。对于老年人群，由于免疫力相对下降，hpv病毒清除相对较为困难，持续感染的风险可能更高，需要更加密切监测。
性别因素：男性和女性感染hpv后在清除方面总体差异不大，但女性由于有宫颈等特定部位，高危型hpv持续感染可能引发宫颈病变等问题，相对男性在这方面的健康管理需要更细致。
生活方式因素：生活方式健康的人，如均衡饮食、适量运动、作息规律等，其自身免疫力相对较好，更有利于hpv病毒的清除；而长期吸烟、酗酒、熬夜、过度劳累等不良生活方式会削弱免疫力，不利于hpv病毒的清除，会增加hpv病毒持续感染的风险。
病史因素：本身患有免疫缺陷性疾病的人群，如艾滋病患者等，其免疫系统功能严重受损，hpv病毒清除极为困难，往往容易出现hpv病毒持续感染且引发严重病变的情况；而本身健康无其他严重基础疾病的人群，相对更易依靠自身免疫力清除hpv病毒。
