HPV感染分为皮肤低危型、皮肤高危型、黏膜低危型、黏膜高危型，不同类型感染有不同症状，如皮肤低危型有寻常疣、跖疣、扁平疣症状；皮肤高危型有鲍温样丘疹病症状；黏膜低危型有生殖器疣（尖锐湿疣）症状；黏膜高危型有宫颈癌相关症状，且不同人群感染后症状可能因个体差异等不同，孕妇感染需密切关注。
跖疣：发生在足底的寻常疣，外伤和摩擦为其诱因，足部多汗也有一定关系，初起为细小发亮的丘疹，渐增至黄豆大小或更大，因受压而形成淡黄色或褐黄色胼胝样斑块或扁平丘疹，表面粗糙，界限清楚，边缘绕以稍高的角质环，去除角质层后，其下方有疏松的角质软芯，可见毛细血管破裂出血而形成的小黑点。
扁平疣：主要侵犯青少年，多发生在面部、手背及前臂等处，表现为大小不等的扁平丘疹，轻度隆起，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，境界清楚，可密集分布或由于局部搔抓而呈线状排列。
皮肤高危型HPV感染症状
鲍温样丘疹病：多见于青壮年，损害为多个或单个色素性丘疹，大小不等，直径2～10mm，为肉色或红褐色，呈圆形、椭圆形或不规则形，境界清楚，丘疹表面可光亮呈天鹅绒样外观，或轻度角化呈疣状，好发于腹股沟、外生殖器及肛周等部位。
黏膜低危型HPV感染症状
生殖器疣（尖锐湿疣）：好发于性活跃的青、中年，潜伏期一般为1～8个月，平均3个月，外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区为好发部位，男性多见于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部、会阴，同性恋者多见于肛门及直肠内，女性多见于大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周；少数患者可见于肛门生殖器以外部位（如口腔、腋窝、乳房、趾间等）。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，红色或污灰色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血，皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染，本病常无自觉症状，部分患者可出现异物感、痛、痒感或性交痛，直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
黏膜高危型HPV感染症状
宫颈癌：早期常无明显症状和体征，宫颈可光滑或难与宫颈柱状上皮异位区别，颈管型患者因宫颈外观正常易漏诊或误诊，随病变发展，可出现以下表现：
阴道流血：早期多为接触性出血；中晚期为不规则阴道流血，出血量根据病灶大小、侵及间质内血管情况而不同，若侵袭大血管可引起大出血，年轻患者也可表现为经期延长、经量增多，老年患者常为绝经后不规则阴道流血。
阴道排液：多数患者有阴道排液，液体为白色或血性，可稀薄如水样或米泔状，或有腥臭，晚期患者因癌组织坏死伴感染，可有大量米汤样或脓性恶臭白带。
晚期症状：根据癌灶累及范围出现不同的继发性症状，如尿频、尿急、便秘、下肢肿痛等；癌肿压迫或累及输尿管时，可引起输尿管梗阻、肾盂积水及尿毒症；晚期可有贫血、恶病质等全身衰竭症状。
不同人群感染HPV后的症状可能会因个体差异、免疫状态等有所不同，例如免疫力较强的年轻女性可能更容易通过自身免疫清除低危型HPV，而免疫力较低的人群或合并其他基础疾病者感染高危型HPV后更易出现持续感染进而引发相关病变。孕妇感染HPV也需密切关注，因为可能会对分娩等产生影响，如尖锐湿疣在孕妇中的表现可能会因孕期激素变化等而有所不同。
