HPV早期症状因感染部位而异，皮肤黏膜部位有寻常疣（儿童及青少年手部黄豆大小、表面粗糙的丘疹，HPV-2等型别感染所致）、扁平疣（青少年颜面等部位米粒至黄豆大小、扁平隆起、表面光滑的丘疹，HPV-3等型别感染，通过接触传播）、跖疣（足底受压部位细小发亮丘疹渐增大成胼胝样斑块，HPV-1等型别感染）；生殖器部位男性阴茎等部位可出现丘疹、赘生物，女性宫颈早期可能无明显症状、外阴可现尖锐湿疣样表现；其他部位如口腔较少见有乳头状瘤等、呼吸道极为罕见有喉部乳头状瘤等，多数HPV感染无症状，仅持续高危型HPV感染可能引发病变，不同人群症状有差异
一、皮肤黏膜部位的表现
1.寻常疣：多见于儿童及青少年，好发于手部，表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，质地坚硬，呈灰褐色或正常肤色，可呈乳头瘤样增生。这是由于HPV-2等型别感染引起，人体皮肤破损后，HPV病毒入侵上皮细胞，导致上皮细胞异常增殖而形成。
2.扁平疣：好发于青少年的颜面、手背及前臂，表现为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质硬，正常肤色或淡褐色，多骤然出现，数目较多且密集。一般由HPV-3等型别感染所致，通过直接或间接接触传播。
3.跖疣：发生在足底，多由HPV-1等型别感染引起，受压部位多见，初起为细小发亮的丘疹，逐渐增大至黄豆大小或更大，因受压而形成淡黄色或褐黄色胼胝样斑块或丘疹，表面粗糙，界限清楚，周围绕以稍高的角质环，去除角质层后其下方有疏松的角质软芯，可见毛细血管破裂出血而形成的小黑点。
二、生殖器部位的表现
1.男性生殖器部位：
阴茎部位可能出现丘疹、乳头样或菜花样赘生物，好发于冠状沟、包皮、龟头、尿道口等部位。一般由高危型HPV持续感染可能引发阴茎癌前病变或阴茎癌，但早期多表现为局部的异常新生物，初期可能较小，不易被发现，随着病情发展会逐渐增大、增多。
阴囊部位也可能出现类似皮肤黏膜部位的HPV感染表现，但相对较少见，表现为局部的小丘疹等。
2.女性生殖器部位：
宫颈部位：早期可能没有明显症状，部分女性可出现宫颈糜烂样改变，通过妇科检查可能发现宫颈局部有异常的红色区域等。如果是高危型HPV持续感染宫颈，可能在数年或数十年后发展为宫颈癌，但早期多无特殊自觉症状。
外阴部位：可出现尖锐湿疣样表现，如外阴部的丘疹、角化性斑块、乳头样或菜花样赘生物，可单发或多发，可伴有瘙痒等不适。常见于大小阴唇、阴道口、会阴、肛周等部位，多由低危型HPV（如HPV-6、HPV-11等）感染引起，不过高危型HPV也可能导致外阴癌前病变或外阴癌。
三、其他部位表现
1.口腔部位：较少见，若有高危性行为后口腔接触等情况，可能出现口腔黏膜的乳头状瘤等病变，表现为口腔内的小的增生物。
2.呼吸道部位：极为罕见，若发生呼吸道黏膜的HPV感染，可能出现喉部的乳头状瘤等，表现为声音嘶哑、呼吸困难等，但这种情况非常少见。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群感染HPV后的早期症状可能有一定差异。例如，青少年免疫系统相对活跃，感染HPV后可能疣体生长相对较快；女性由于生理结构特点，宫颈部位的HPV感染早期更易通过妇科检查发现；有不洁性行为等高危生活方式的人群，生殖器部位HPV感染的风险更高，早期症状可能更易被关注到；而有免疫缺陷病史的人群，感染HPV后可能症状表现不典型或病情进展相对更快等。需要注意的是，大多数HPV感染是无症状的，可通过自身免疫系统清除，只有持续的高危型HPV感染才可能逐渐引发病变。
