早期尖锐湿疣治愈率相对较高，规范治疗下可达70%-90%，其治愈率受多种因素影响。
治疗方法上，激光、冷冻等物理治疗可快速清除可见疣体，单次激光治疗早期单发或少量疣体，治愈率约70%-80%，但特殊部位（如尿道内）复发率稍高；冷冻治疗治愈率约60%-70%，操作简单但可能引起局部疼痛。药物治疗如鬼臼毒素酊，适用于小疣体，治愈率约50%-60%，但需注意局部刺激；咪喹莫特乳膏通过免疫调节清除疣体，复发率低但清除率约56%。
患者自身因素中，免疫力正常者治愈率更高，如20-30岁患者早期规范治疗后治愈率可达75%以上；而免疫力低下者（如合并艾滋病、糖尿病）治愈率可能低于50%，且复发风险高。此外，疣体越小、数量越少，治愈率越高，早期孤立性小疣体一次性清除率可达70%以上。
治疗后需定期复查，前3个月每2周1次，之后每月1次，持续6个月无复发可判定为临床痊愈。
