并不存在怎么去除扁平疣最有效的说法，常见的治疗方法为冷冻治疗（液氮冷冻）、激光治疗（CO激光）、局部药物治疗、化学剥脱方法。
1.冷冻治疗（液氮冷冻）
通过-196℃液氮直接破坏疣体组织，适用于单发或多发疣体，尤其面部、手背等暴露部位。研究显示，单次治疗有效率约60%~70%，但可能遗留色素沉着或瘢痕。儿童及敏感部位需谨慎操作，避免过度冷冻。
2.激光治疗（CO激光）
利用高能激光束精准气化疣体，适用于顽固性或深在疣体。术后需严格防晒，减少色素异常风险。瘢痕体质患者需评估利弊，可能增加凹陷性瘢痕概率。
3.局部药物治疗
维A酸类药物通过调节表皮分化抑制病毒复制，适用于薄层、小面积疣体。需夜间使用并严格避光，孕妇及哺乳期禁用，常用药物为维A酸软膏；咪喹莫特通过诱导局部免疫反应清除病毒。
4.化学剥脱疗法
水杨酸制剂（15%~40%浓度）通过角质松解作用破坏疣体，需每日涂抹并封包。研究显示，联合冷冻治疗可提高有效率至85%以上。但可能引发化学烧伤，面部及儿童需谨慎使用，避免接触正常皮肤。
