临床一般未明确扁平疣的最佳治疗方法，扁平疣的治疗方法包括外用药物治疗、物理治疗、系统药物治疗、中医调理治疗、局部注射治疗、日常护理预防。
1、外用药物治疗
常用维A酸类药物（如维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶），通过调节表皮代谢去除疣体，需每晚薄涂于疣体表面，避免接触健康皮肤；也可使用干扰素凝胶，抑制病毒复制、增强局部免疫力，适合疣体较小、数量较少的情况，坚持使用可降低复发率。
2、物理治疗
疣体集中或顽固者可选择冷冻治疗（液氮冷冻，使疣体坏死脱落）、激光治疗（精准烧灼疣体，创伤小、恢复快），或电灼、刮除术，直接去除疣体组织。物理治疗见效快，但可能需多次治疗，术后需注意局部护理，避免感染和留疤。
3、系统药物治疗
对于疣体广泛、反复发作的患者，可在医生指导下口服免疫调节剂（如转移因子口服液、胸腺肽肠溶片），调节全身免疫力，从根源抑制病毒繁殖；合并感染时可短期使用抗生素，避免自行用药，需严格遵循医嘱控制剂量和疗程。
4、中医调理治疗
中医认为扁平疣与风热湿毒、气血瘀滞相关，可服用清热解毒、活血化瘀的中药方剂（如马齿苋、板蓝根、红花等），或外用中药煎剂湿敷、熏洗疣体。也可配合针灸、穴位埋线，调节体质、清除病毒，适合不耐受西药或物理治疗的人群。
5、局部注射治疗
对于顽固疣体，可在疣体根部注射干扰素、博来霉素等药物，直接作用于病灶，抑制病毒、促进疣体坏死脱落。该方法针对性强，但可能引起局部疼痛、红肿，需由专业医生操作，避免药物不良反应。
6、日常护理预防
避免搔抓、摩擦疣体，防止自身接种扩散；保持皮肤清洁干燥，穿宽松透气的衣物；增强体质，通过规律运动、均衡饮食提升免疫力，减少病毒感染和复发风险；患者的个人物品（如毛巾、衣物）需单独清洗，避免交叉感染。
需要注意，若扁平疣数量增多、扩散，或伴瘙痒、疼痛、破溃感染，需及时就医皮肤科，避免延误治疗导致病情加重。
