扁桃体发炎的原因包括病原体感染、免疫力下降和邻近器官炎症蔓延。病原体感染有细菌（如乙型溶血性链球菌等）和病毒（如腺病毒等）；免疫力下降与年龄（儿童免疫系统发育不全、老年人免疫力衰退）、生活方式（过度劳累等不良方式、饮食不均衡）、基础病史（糖尿病等影响免疫功能的疾病）有关；邻近器官炎症（咽炎、鼻窦炎等）可蔓延至扁桃体引发发炎。
病毒感染：病毒也是导致扁桃体发炎的重要原因，常见的有腺病毒、鼻病毒、流感病毒等。病毒感染往往具有一定的季节性，在冬春季节高发，儿童由于免疫系统发育尚不完善，相对更容易受到病毒的侵袭。例如，腺病毒感染可引起扁桃体明显红肿，伴有发热等症状，病毒在扁桃体局部复制，引发炎症过程。
免疫力下降
年龄因素：儿童时期免疫系统处于发育阶段，免疫力相对较弱，更容易发生扁桃体发炎。而老年人随着年龄增长，免疫力逐渐衰退，也较易受到病原体侵袭引发扁桃体炎症。比如，婴幼儿扁桃体炎的发生率相对较高，这与他们免疫系统尚未完全成熟有关；老年人体质较弱，一旦接触到病原体，扁桃体就容易发炎。
生活方式：长期过度劳累、缺乏运动、睡眠不足等不良生活方式会使人体免疫力降低。例如，一些经常熬夜、缺乏规律运动的人群，其身体的免疫防御功能会受到影响，当有病原体入侵时，扁桃体就容易发炎。另外，饮食不均衡，如长期摄入辛辣、油腻等刺激性食物，也会对扁桃体的健康产生不利影响，降低局部的抵抗力，增加感染的风险。
基础病史影响：患有某些慢性疾病，如糖尿病、艾滋病等，会影响人体的免疫功能，使扁桃体更容易受到病原体感染而发炎。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体的抗感染能力下降，扁桃体炎的发生几率相对较高，且病情可能更难控制；艾滋病患者免疫系统严重受损，极易发生各种机会性感染，包括扁桃体的感染发炎。
邻近器官炎症蔓延
当邻近器官发生炎症时，炎症可能蔓延至扁桃体引发发炎。例如，咽炎可直接向周围蔓延累及扁桃体，使得扁桃体出现炎症反应。鼻腔、鼻窦的炎症也可通过解剖通道影响到扁桃体，如鼻窦炎时，炎性分泌物可能逆流至扁桃体部位，长期刺激导致扁桃体发炎。
