小儿隐性脊柱裂的发生与多种因素有关，包括遗传因素（隐性脊柱裂有遗传倾向，相关基因异常可遗传给子代影响脊柱发育）、胚胎发育时期的环境因素（母体营养缺乏如叶酸不足、接触有害物质如放射线和化学毒物、患病如糖尿病、风疹病毒感染等会影响胚胎脊柱发育）以及其他因素（孕期用药不当、孕妇年龄因素等也可能增加患病风险）。
胚胎发育时期的环境因素
母体营养缺乏：在胚胎发育的关键时期，如妊娠早期，若母体缺乏某些重要营养素，例如叶酸。叶酸对于神经管的正常闭合起着至关重要的作用，当母体叶酸摄入不足时，胚胎神经管闭合可能出现障碍，进而增加小儿隐性脊柱裂的发生风险。
母体接触有害物质：妊娠期间母体接触某些有害物质，如放射线。过高剂量的放射线暴露会干扰胚胎的正常发育，影响脊柱的形成过程，导致隐性脊柱裂等神经管畸形的发生概率上升。另外，母体接触某些化学毒物，像一些工业污染物等，也可能通过胎盘影响胚胎发育，引发脊柱发育异常。
母体患病：妊娠期间母体患有某些疾病，如糖尿病。糖尿病患者血糖控制不佳时，会改变母体的内环境，影响胚胎的生长发育，增加胎儿出现神经管畸形包括隐性脊柱裂的可能性。还有母体感染某些病毒，如风疹病毒，在妊娠早期感染风疹病毒后，病毒可通过胎盘侵袭胚胎，干扰脊柱的正常发育过程，导致隐性脊柱裂等问题。
其他因素
孕期用药不当：妊娠期间孕妇不合理使用某些药物，虽然并非所有药物都会导致隐性脊柱裂，但部分药物可能会对胚胎发育产生不良影响。例如一些具有致畸风险的药物，如果在不知情的情况下服用，可能干扰胎儿脊柱的发育，增加隐性脊柱裂的发生几率。
年龄因素：孕妇的年龄也与小儿隐性脊柱裂的发生有一定关系。一般来说，高龄孕妇（年龄≥35岁）生育的胎儿患隐性脊柱裂等神经管畸形的风险相对较高。这可能与高龄孕妇自身的生理状况改变，如卵子质量下降、身体代谢等方面的变化，影响胚胎发育有关。
