吸入糖皮质激素有局部和全身不良反应，局部不良反应包括口腔咽喉部局部反应（如声音嘶哑、咽部不适、念珠菌感染等）和咳嗽；全身不良反应有骨代谢相关影响（长期使用致骨密度降低等）、肾上腺皮质功能抑制（长期大剂量使用可能抑制HPA轴，儿童等特殊人群风险更高）、对儿童生长发育的影响（可能致生长速率减慢）、对代谢的影响（可引起糖代谢紊乱等，相对口服轻）、对免疫系统的影响（可能致免疫力下降，增加感染易感性，老年人更需注意预防感染）。
咳嗽：部分患者在吸入糖皮质激素后可能出现咳嗽症状，可能与药物对呼吸道黏膜的刺激有关。不同个体对药物的刺激反应不同，一些患者可能较为敏感，用药后会出现咳嗽加重的情况，但一般程度较轻，随着用药时间的延长，部分患者的咳嗽症状会逐渐减轻。
全身不良反应
骨代谢相关影响：长期使用吸入糖皮质激素可能会影响骨代谢，导致骨密度降低，增加骨质疏松和骨折的风险。研究表明，长期大剂量使用吸入糖皮质激素的患者，骨密度下降的程度与使用剂量和时间相关。儿童和青少年处于骨骼发育阶段，长期使用吸入糖皮质激素可能会影响身高增长等骨骼发育相关指标，因为糖皮质激素会抑制成骨细胞活性，促进破骨细胞活性，从而影响骨的形成和代谢。
肾上腺皮质功能抑制：一般情况下，吸入糖皮质激素全身吸收量较少，但长期大剂量使用时，可能会对下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）产生抑制作用，导致肾上腺皮质功能受到抑制。不过，与口服或注射糖皮质激素相比，吸入糖皮质激素引起HPA轴抑制的风险相对较低。但对于一些特殊人群，如儿童、老年人、本身存在肾上腺皮质功能减退基础疾病的患者，这种风险可能会增加。例如，儿童长期使用较高剂量吸入糖皮质激素时，需要密切监测HPA轴功能，因为儿童的HPA轴尚未发育完善，更容易受到影响。
对生长发育的影响（儿童人群）：儿童长期使用吸入糖皮质激素可能会影响生长发育。有研究追踪观察长期使用吸入糖皮质激素的儿童，发现其生长速率可能会减慢。这是因为糖皮质激素会影响生长激素的分泌和作用，从而干扰儿童的正常生长发育过程。因此，对于儿童哮喘患者使用吸入糖皮质激素时，需要在有效控制哮喘的同时，密切监测儿童的生长发育情况，可通过定期测量身高、体重等指标来评估。
对代谢的影响：可能会引起糖代谢紊乱，导致血糖升高，对于本身有糖尿病倾向或糖尿病患者，使用吸入糖皮质激素后需要更加密切监测血糖。此外，也可能对脂代谢产生一定影响，导致血脂异常等，但相对来说，吸入糖皮质激素引起全身代谢紊乱的程度较口服糖皮质激素轻。
对免疫系统的影响：长期使用吸入糖皮质激素可能会对免疫系统产生一定影响，使机体免疫力下降，增加感染的易感性。例如，可能会增加呼吸道感染的发生风险，因为糖皮质激素会抑制炎症反应相关的免疫细胞功能，削弱机体对病原体的防御能力。但这种影响在合理使用、剂量适中的情况下相对可控。特殊人群如老年人，本身免疫力相对较低，使用吸入糖皮质激素时更要注意预防感染，若出现感染相关症状应及时就医。
