口腔溃疡局部用药以促进愈合、缓解症状为主，常用药物包括含漱类、凝胶/贴膜类、含片类。含漱类药物如氯己定含漱液（0.12%浓度）可减少溃疡周围细菌定植，降低继发感染风险；复方氯己定含漱液（含甲硝唑）对厌氧菌感染性溃疡有辅助作用。凝胶/贴膜类中，西地碘含片通过释放碘发挥杀菌作用，适用于合并感染的溃疡；康复新液（主要成分为美洲大蠊提取物）可促进黏膜组织修复，临床研究显示其对复发性阿弗他溃疡愈合时间缩短有显著效果。含片类如利多卡因凝胶（局部麻醉）可暂时缓解疼痛，需注意避免长期使用。
全身用药适用于严重或反复发作的溃疡，包括维生素补充、免疫调节药物及止痛对症药物。维生素B族（尤其是B2、B12）、维生素C适用于营养缺乏型溃疡，研究表明维生素B族缺乏与复发性阿弗他溃疡发病相关，每日补充可降低复发频率。对反复发作、免疫功能异常者，可短期使用转移因子、复方甘草酸苷等免疫调节药物，但需在医生指导下使用，避免长期滥用。止痛对症药物如布洛芬（非甾体抗炎药）、对乙酰氨基酚适用于疼痛明显者，可按需使用，避免空腹服用以减少胃肠道刺激。
特殊人群用药需谨慎。儿童（12岁以下）禁用含酒精含漱液，避免氯己定长期使用导致牙齿着色；优先选择西地碘含片（需遵医嘱，严格控制剂量），避免低龄儿童自行用药。孕妇优先通过饮食调整（增加新鲜蔬果摄入）改善症状，必要时使用西瓜霜喷剂需经产科医生评估，慎用含皮质类固醇的药物。老年人合并高血压、糖尿病者需控制基础病，避免使用含激素的凝胶（如地塞米松）以防血糖波动，建议选择不含激素的康复新液等温和药物。
非药物干预措施应优先采用。口腔护理需每日用软毛牙刷轻柔清洁，使用含氟牙膏避免刺激溃疡面，餐后用温水或淡盐水漱口。饮食调整应避免辛辣、过烫、过硬食物，减少酸性食物（如柑橘）摄入，以温凉、软烂食物为主，促进溃疡面愈合。生活方式需保证规律作息，避免熬夜，减少精神压力（长期焦虑与复发性溃疡相关），戒烟限酒。
